云南地方稻waxy基因序列多样性分析

• 作者: 孙一丁 杨奕 王炎炎 许明辉 马继琼
• 来源期刊: 植物遗传资源学报
• 关键词: 水稻 云南 waxy基因 单倍型
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 基因挖掘
• 页码范围: 365-370
• 语种: 中文
• DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2016.02.023

摘要

利用特异引物Wx-F/AG-2对来源于云南省16个州市64个县的252份地方稻种waxy基因中含有微卫星序列(CT)n和第一内含子的序列进行PCR扩增并测序.结果表明在268个碱基的序列内检测到4个变异位点:第一内含子上游56位处(CT)n存在(CT)10、(CT) 11、(CT)12、(CT)14、(CT)16、(CT) 17、(CT)18、(CT)19、(CT)20、(CT)21等10种变异;(CT)11、(CT)18、(CT) 17、(CT)12、(CT) 10等5种单倍型是云南优势类型,合计占供试材料的92.85％;籼稻以(CT) 10、(CT)11、(CT)12为主,而粳稻以(CT)11、(CT)12、(CT) 17和(CT)18为主;第一内含子+1位存在G/T变异,81.75％品种是G,T只出现在(CT)16、(CT)17、(CT)18和(CT)20的品种中,其频率在籼稻中为13.48％,粳稻20.86％,水稻16.17％,陆稻22.35％,粘稻10.47％,糯稻42.62％.+86-88位存在ATA/GTA/A--3种变异;+128位处存在(AATT)5和(AATT)6 2种变异.根据这4个变异位点,可将252个云南地方稻种归为16种单倍型,其中Wx4(32.54％)、Wx9(13.89％)、Wx12(12.7％)、Wx5(12.3％)、Wx1 (8.33％)、Wx11(7.94％)是主要类型,合计87.7％,其他类型频率较低.籼/粳亚种、水/陆稻和粘/糯中存在单倍型种类和单倍型频率两方面的差异,籼稻/粳稻、水/陆稻和粘/糯稻各亚种或生态型均有独享的单倍型,共享单倍型频率也存在差异,表明亚种间或生态型间发生了一定的遗传分化.单倍型地理分布分析表明,临沧、普洱单倍型种类最丰富,以之为中心向外扩展,单倍型种类有减少的趋势,第一内含子+1位的T主要分布在临沧、普洱、西双版纳、德宏等南部地区.本研究揭示了云南地方稻种群体waxy基因的变异和分布特点.