新生大鼠缺氧缺血性脑损伤后差异性表达基因的生物信息学分析

• 作者: 唐军 母得志 石晶
• 来源期刊: 四川大学学报（医学版）
• 关键词: 新生大鼠 缺氧缺血性脑损伤 差异性表达基因 基因富集 蛋白质相互作用
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 722-726
• 语种: 中文

摘要

目的 分析新生大鼠缺氧缺血性脑损伤(hypoxic-ischemic brain damage,HIBD)后7周大脑皮层与对照组脑皮层的基因表达差异,探讨其生物学意义.方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中获取新生Wista大鼠缺氧缺血性脑损伤后7周大脑皮层基因表达芯片数据集GSE37777.该数据集共8个样本,4个样本为HIBD组,4个样本为对照组.采用R软件包对数据做预处理和差异性表达基因(differentiallyexpressed genes,DEGs)的筛选,应用Cytoscape插件ClueGO+ Cluepedia构建DEGs功能分组通路网络.通过相互作用基因库检索工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING)数据库和Cytoscape软件进行DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析.结果 HIBD组共发现973 DEGs,其中599个基因表达上调,374个基因表达下调.DEGs功能分组通路网络分析显示Hedgehog信号通路是最显著的差异性表达基因通路.HIBD组中Hedgehog通路相关基因Shh及Dhh表达上调,Wnt通路相关基因Wnt1、Wnt2B及Wnt5表达上调.PPI网络分析显示Ccnd1、Shh、Ret及Gli3是主要的中心蛋白,Shh和Ret表达上调,Ccnd1和Gli3表达下调.结论 生物信息学分析显示,新生大鼠HIBD后7周脑皮层可能存在Hedgehog和Wnt信号通路的激活,与细胞修复相关的蛋白Shh及Ret的表达上调.新生大鼠HIBD 7周后脑皮层可能存在持续修复过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	母得志	四川大学华西第二医院儿科出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室	228	1431	18.0	25.0
2	唐军	四川大学华西第二医院儿科出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室	72	416	11.0	15.0
3	石晶	四川大学华西第二医院儿科出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室	43	274	8.0	14.0