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PCR-SSCP技术与比较基因组学结合定位棉花Li1基因
PCR-SSCP技术与比较基因组学结合定位棉花Li1基因
作者:
代华琴
曹跃芬
杨芬
蒋玉蓉
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
棉花
PCR-SSCP
李氏超短纤维突变体(Li1)
比较基因组学
遗传作图
摘要:
聚合酶链式反应-单链构象多态性(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)作为一种能检测基因组间DNA碱基微小差异的技术手段,具有操作简便、快捷且灵敏度高等优点.比较基因组学近年来已经成为研究生物基因组的最主要手段之一;大量基因组序列的产生为通过比较基因组学开发新标记和定位目标基因提供了大量的DNA序列资源.本研究以李氏超短纤维突变体(Ligon lintless-1,Li1)为材料,定位Li1基因,针对PCR扩增产物片段较大的样品(>400bp)进行PCR-SSCP技术的优化,用己发表的拟南芥(Arabidopsis thaliana)和棉花(Gossypium spp.)D基因组DNA序列为参考,探索PCR-SSCP技术与比较基因组学结合开发新标记应用于棉花基因定位的可能性.结果表明,电压为150V,胶浓度为10%,电泳温度为4℃时电泳结果最好;上样缓冲液与PCR扩增目的片段比例为5∶1为最佳比例.利用上述优化的PCR-SSCP技术将根据棉花与拟南芥同线性区段开发的分子标记构建了一个由28个标记组成的长度为149.6 cM的遗传图,该区域包含4个功能上与Li1位点密切相关的基因.此外,利用D基因组序列开发的标记构建了一个由17个SSCP标记和Li1位点组成,跨越40.3cM的遗传图谱,距其最近的两端标记W058和P095分别为0.6和0.3 cM.本研究为棉花Li1基因的精细定位及其候选基因的克隆提供了理论基础.
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文献信息
篇名
PCR-SSCP技术与比较基因组学结合定位棉花Li1基因
来源期刊
农业生物技术学报
学科
农学
关键词
棉花
PCR-SSCP
李氏超短纤维突变体(Li1)
比较基因组学
遗传作图
年,卷(期)
2016,(4)
所属期刊栏目
研究资源与技术改进
研究方向
页码范围
613-624
页数
分类号
S562
字数
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1674-7968.2016.04.016
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
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1
曹跃芬
浙江农林大学农业与食品科学学院
4
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2.0
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2
代华琴
浙江农林大学农业与食品科学学院
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杨芬
浙江农林大学林业与生物技术学院
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期刊影响力
农业生物技术学报
主办单位:
中国农业大学
中国农业生物技术学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1674-7968
CN:
11-3342/S
开本:
大16开
出版地:
北京海淀区圆明园西路2号中国农业大学生命科学楼1053室
邮发代号:
2-367
创刊时间:
1993
语种:
chi
出版文献量(篇)
4211
总下载数(次)
8
总被引数(次)
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