乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

• 作者: 刘瑞凿 吴明明 张莉 朱才业 杜立新 王慧华 袁泽湖 赵福平 轩俊丽 马晓萌 魏彩虹
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: RIPK2基因 生长性状 多态性 关联分析 乌珠穆沁绵羊
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 畜牧?兽医?资源昆虫
• 页码范围: 173-189
• 页数: 17页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2016.07.015

摘要

【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果，旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记，同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中，选取其中30个个体的血液DNA样本，以相同浓度组成池DNA，设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1000bp的调控区进行PCR扩增，PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析，采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS （22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点，A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内，在该位点检测到三种基因型，AA基因型频率为0.42，AG基因型频率为0.45，GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A，其频率为0.65；在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02，在该突变位点检测到3种基因型，其中TT基因型频率为0.82，TC基因型频率为0.16，CC基因型频率为0.02，T为优势等位基因，基因频率为0.9；在第十外显子检测到 T2836C的突变rs05，在该位点检测到两种基因型TT和CC，没有检测到杂合子基因型，TT基因型频率为0.25，CC基因型频率为0.75；上游调控区发现一个G5181C的突变rs30，有3种基因型，其中GC基因型频率为0.50，CC基因型频率为0.18，GG基因型频率为0.32，G为优势等位基因，其频率为0.58； GWAS得到的SNP位点是T4456C，在本研究中被命名为rs34，在该位点有3种基因型，其中TT基因型频率为0.49，TC基因型频率为0.37，CC基因型频率为0.14，优势等位基因T的频率为0.68。χ2适合性检验发现，除rs34位点外，其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC＜0.25)，其余位点处于中度多态(0.25＜PIC＜0.5)。连锁不平衡分析发现，rs01和rs02位点强连锁，在群体中共构建了3种单倍型，AT 为优势单倍型，其频率为0.645，这两个位点共构建了6种基因型组合，其中 AATT 为优势基因型组合，频率为0.425。单标记关联分析表明：rs01位点的AA、AG基因型的个体和GG基因型个体在4月龄体重、胸围上差异显著（P＜0.05），在6月龄体高、胸围上差异显著(P＜0.05)。rs02位点CC基因型个体在4月龄体重、体高、胸围和6月龄胸宽上显著优于TT、TC基因型个体（P＜0.05),在4月龄体斜长、6月龄体高和体斜长上极显著优于TT、TC基因型的个体（P＜0.01）。rs30位点上，GG基因型的个体在4月龄体重、胸围与其他两种基因型个差异显著(P＜0.05)，3个基因型的个体在6月龄胸围上均有显著差异（P＜0.05）。rs34位点的3个基因型的个体仅在4月龄体重上差异显著(P＜0.05)。rs01-rs02组合基因型关联分析发现：GGCC基因型组合的个体在4月龄体重、体高、体斜长、胸围上与其他基因型之间差异显著（P＜0.05）,GGCC 基因型组合的个体在6月龄体高、体斜长、胸宽上与其他基因型组合的个体差异显著（P＜0.05）。【结论】RIPK2基因对绵羊生长性状具有较显著的影响，其SNPs作为分子标记对乌珠穆沁绵羊生长性状的选育具有一定的指导意义。