玉米种胚内质网胁迫相关基因对人工老化处理的响应

• 作者: 吕伟增 曹广灿 杨伟飞 林一欣 薛梅真 邢芦蔓 陈军营
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 玉米 种子老化 差异表达基因 内质网胁迫 内质网相关性降解
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种?种质资源?分子遗传学
• 页码范围: 429-442
• 页数: 14页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2016.03.003

摘要

【目的】在植物中，内质网胁迫（endoplasmic reticulum stress，ERS）和未折叠蛋白应答（unfolded protein response，UPR）参与环境胁迫响应过程，然而，玉米种子老化过程中内质网胁迫相关基因表达情况尚未见报道。文章利用基因数字表达谱技术探究玉米种子老化过程中内质网胁迫相关基因表达规律，以期为揭示种子衰老的分子机制提供理论依据。【方法】以玉米杂交种郑单958种子为材料，采用高温（45℃）高湿（相对湿度100%）的方法进行人工老化处理。分别提取未老化处理（对照）和老化处理3 d的玉米种胚总RNA，利用Illumina HiSeqTM 2000平台进行高通量测序。去除原始数据中的接头序列、包含模糊碱基的序列以及低质量序列，获得Clean reads，利用短序列比对软件SOAPaligner/ SOAP2将Clean Reads分别比对到玉米参考基因组和参考基因序列，采用RPKM（reads per kb per million reads）方法计算基因的表达量，根据FDR（false discovery rate）＜0.001和|log2 ratio(T/CK)|≥1的标准筛选差异表达的基因，对获得的差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs）进行KEGG（kyoto encyclopedia of genes and genomes）数据库功能注释分析，筛选出响应人工老化的内质网胁迫相关差异表达基因。利用qRT-PCR技术定量分析内质网胁迫相关基因在不同人工老化时间内的表达特性。【结果】基因数字表达谱鉴定结果表明，有104个差异表达基因在人工老化过程中参与内质网蛋白质加工（protein processing in endoplasmic reticulum）通路，其中内质网胁迫相关基因有97个（81个上调表达，16个下调表达）。对差异表达基因功能注释分析表明，内质网胁迫的标志性蛋白基因BiP以及分子伴侣蛋白基因CRT、CNT和GRP94等显著上调表达。参与内质网相关性降解（endoplasmic reticulum-associated degradation， ERAD）途径的有83个差异表达基因（70个上调，13个下调），其中启动ERAD途径的关键酶基因EDEM（ER degradation enhancing mannosidase I-like protein）下调，参与蛋白泛素化的E2泛素结合酶基因UbcH5、E3泛素连接酶基因Hrd1和Doa10等也发生显著的表达变化。qRT-PCR结果表明，内质网胁迫相关基因在不同人工老化时间内表现表达多样性和复杂性。【结论】人工老化处理能造成玉米种胚细胞发生内质网胁迫。细胞通过上调分子伴侣基因表达和诱导ERAD途径响应内质网胁迫，但ERAD途径受阻可能引起错误折叠蛋白聚集，从而进一步加剧细胞损伤，最终导致种子活力降低甚至丧失。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈军营	河南农业大学农学院	58	558	14.0	20.0
2	吕伟增	河南农业大学农学院	5	14	2.0	3.0
3	曹广灿	河南农业大学农学院	4	13	2.0	3.0
4	林一欣	河南农业大学农学院	2	5	1.0	2.0
5	薛梅真	河南农业大学农学院	2	5	1.0	2.0
6	邢芦蔓	河南农业大学农学院	2	6	1.0	2.0
7	杨伟飞	河南农业大学农学院	3	13	2.0	3.0