带电组氨酸侧链与DNA碱基间非键作用强度的理论研究

• 作者: 李书实 李蕾 王长生
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 组氨酸侧链 DNA碱基 离子氢键作用 堆积作用 T型作用
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 页码范围: 56-62
• 页数: 7页
• 分类号: O641
• 字数: 4979字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7503/cjcu20160699

摘要

采用MP2方法和6-31＋G（ d，p）基组优化得到了带有一个正电荷的组氨酸侧链与4个DNA碱基间形成的18个氢键复合物的气相稳定结构，从文献中获取了组氨酸侧链与DNA碱基间形成的12个堆积和T型复合物的气相稳定结构，使用包含基组重叠误差（ BSSE）校正的MP2方法和aug-cc-pVTZ基组及密度泛函理论M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基组计算了这些复合物的结合能。研究结果表明，包含BSSE校正的M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基组能够给出较准确的结合能；气相条件下，组氨酸侧链与同种DNA碱基间的离子氢键作用明显强于堆积作用和T型作用，组氨酸侧链最易通过离子氢键与胞嘧啶C和鸟嘌呤G作用形成氢键复合物，组氨酸与胞嘧啶C和鸟嘌呤G间的T型作用强于与腺嘌呤A和胸腺嘧啶T间的离子氢键作用；水相条件下，组氨酸侧链与同种DNA碱基间的离子氢键作用仍明显强于堆积作用和T型作用，组氨酸侧链更易与胞嘧啶C和鸟嘌呤G相互作用形成氢键复合物，但是最强的组氨酸侧链与胞嘧啶C间的T型作用明显弱于与腺嘌呤A和胸腺嘧啶T间的离子氢键作用，说明水相条件下组氨酸侧链与DNA碱基间主要通过离子氢键作用形成氢键复合物。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王长生	辽宁师范大学化学化工学院	51	137	6.0	7.0
2	李书实	辽宁师范大学化学化工学院	6	20	3.0	4.0
3	李蕾	辽宁师范大学化学化工学院	9	9	2.0	3.0