基于RNA-Seq技术的蜡蚧轮枝菌转录组分析

• 作者: 兰明先 吴国星 夏涛 庞仁乙 张某 李召波 李建一 谭清 郝凯强 高熹 鲁武锋
• 来源期刊: 生物安全学报
• 关键词: 蜡蚧轮枝菌 RNA-Seq 转录组
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 236-243
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1787.2017.03.010

摘要

[目的]蜡蚧轮枝菌是一种防治植物病原物和害虫的生防菌,弄清其致病的分子基础具有重要的意义.[方法]利用Illumina HiSeq技术测序蜡蚧轮枝菌的cDNA文库,并进行RNA-Seq序列拼接和功能注释.[结果]共获得1634670条高品质reads,碱基GC含量48.50%.14856条Unigene经组装拼接后,在Nr、Swiss-Prot、COG和KEGG数据库中分别比对得到1467、9379、6518和4188条Unigenes.采用GO分类工具将21403条Unigenes分成24个功能组,主要包含在细胞组成(1369)、分子功能(1679)和生物学过程(1928)3个大类里,在COG数据库注释的基础上,把6518条Unigenes分成38个功能组,通过GO和COG丰度识别分类,聚类的主要是一般功能预测、次生代谢产物的合成、运输和分解代谢以及信号转导机制起作用的独立基因.能与KEGG路径匹配的108条Unigenes中大部分和新陈代谢途径及次生代谢产物的合成有关.[结论]这些结果将有助于找寻蜡蚧轮枝菌的致病因子,从而丰富其致病机理.