人巨细胞病毒临床低传代病毒株D2的UL140基因B细胞表位生物信息学特征

• 作者: 伍苑宾 晏翠芳 王波 胡兢晶 苏海浩 谭琪琪 郭梦杰
• 来源期刊: 中华妇幼临床医学杂志（电子版）
• 关键词: 巨细胞病毒 临床病毒株 UL140基因 B细胞表位 婴儿,新生
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 658-662
• 页数: 5页
• 字数: 2499字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3877/cma.j.issn.1673-5250.2017.06.007

摘要

目的 探讨广东省妇幼保健院分离鉴定的人巨细胞病毒(HCM V)临床低传代病毒株D2(以下简称为HCMV D2)的UL140基因B细胞表位的生物信息学特征.方法 采用2016年3月至2017年3月,于广东省妇幼保健院新生儿科确诊感染HCM V的10例新生儿新鲜尿液标本中,分离鉴定的HCMV D2为研究材料.采用生物信息学方法,包括隐马尔可夫模型(TMHMM)预测HCMV D2 UL140基因跨膜结构,ExPASy在线序列分析平台预测基因的亲水性、表面可及性、极性、柔韧性及抗原性参数,以及GOR(Garnier-Osguthorpe-Robson)、人工神经网络预测法(HNN)、改进型自我优化预测结构(SOPMA)预测UL140基因二级结构.综合分析上述预测结果 ,并计算UL140基因的氨基酸残基抗原指数(AI),总结UL140基因B细胞表位的生物信息学特征.结果来自广东省妇幼保健院感染HCMV新生儿的HCMV D2 UL140基因的氨基酸包含191个氨基酸残基,相对分子质量为21.5×103,等电点为5.12.UL140基因B细胞表位的生物信息学特征包括:①TMHMM预测UL140基因存在1个跨膜区域,为26-48aa,细胞外区域为1-25aa.②ExPASy在线序列分析平台预测UL140基因的亲水性位于14-22、66-72、76-95、113-125、136-148、55-160、167-176aa;表面可及性位于5-22、50-60、64-96、132-160、167-187aa;极性位于5-22、45-98、103-128、132-187aa;柔韧性位于16-26、75-100、104-113、136-160aa;抗原性位于9-18、53-58、82-88、115-124、136-146、164-187aa.③U L140基因二级结构预测结果为,无规则卷及 β-转角主要位于1-8、13-25、79-95、103-113、153-159aa.④计算UL140基因氨基酸残基的AI较高区域的结果显示,5-10、14-22aa区域的AI较高.结论 HCMV D2 UL140基因B细胞表位,可能位于的区域为5-10、14-22aa或其附近.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王波	广东省妇幼保健院小儿呼吸科	47	196	9.0	11.0
2	苏海浩	广东省妇幼保健院小儿呼吸科	25	75	5.0	8.0
3	胡兢晶	广东省妇幼保健院小儿呼吸科	15	47	3.0	6.0
4	伍苑宾	广东省妇幼保健院小儿呼吸科	9	13	2.0	3.0
5	郭梦杰	广东省妇幼保健院小儿呼吸科	6	1	1.0	1.0
6	谭琪琪	广东省妇幼保健院小儿呼吸科	9	6	2.0	2.0
7	晏翠芳	广州市妇女儿童医疗中心神经康复科	3	0	0.0	0.0