基于GWAS发掘甜瓜核心种质果实性状的关联位点

• 作者: 孙守如 朱华玉 李琼 杨路明 王盼乔 王艳玲 胡建斌 许彦宾 马长生
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甜瓜 核心种质 果实性状 全基因组关联分析(GWAS)
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1434-1442
• 页数: 9页
• 分类号: S652
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2017.09.006

摘要

甜瓜(Cucumis melo)果实外观性状是重要的农艺性状,发掘影响甜瓜果实性状变异的基因(位点)是对果实外观品质进行遗传改良的基础.为此,本研究利用在甜瓜染色体上均匀分布的104个SSR,对甜瓜核心种质进行基因型鉴定,并对2013～2015年连续3年间的5个果实性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS).结果表明,在甜瓜核心种质中共检测到456个等位基因,标记的多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.12～0.89,平均PIC为0.51.核心种质的遗传多样性较丰富,5个果实性状的多样性指数(Shannon Wiener index,H')均高于2.0.基于贝叶斯模型可将核心种质分为2个亚群,亚群的划分与甜瓜亚种分类一致.利用GWAS在3个环境下共检测到42个极显著关联位点(P＜0.01),4个位点(HNM36、DM0035、HNM38和DM0767)在3年间重复出现,21个位点在2年间重复出现,一些稳定表达的位点与前人连锁分析结果的一致性较高.与果纵径(fruit length,FL)、果横径(fruit diameter,FD)、果形指数(fruit shape index,FS)、果肉厚度(flesh thickness,FT)和单果鲜重(fruitfresh weight,FW)相关位点数分别有10、5、9、8和10个,具有最大表型解释率的位点分别为HNM36、HNM16、CMCCA145、HNM31和HNM31.研究结果为甜瓜果实性状QTL精细定位、候选基因发掘和分子标记开发提供基础.