力场/溶剂水模型对EGFRvⅢ抗原-MR1(scFv)抗体复合物的MM-PBSA计算精度的影响与实验验证

• 作者: 任家毅 廖化新 李军旗 杨冰 杨志伟 杨春龙 林淑健 欧仕益 袁晓辉 郑念珏 黄俊卿
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 单链抗体 分子动力学模拟 分子力学和连续介质模型的自由能计算 等温滴定量热 均方根偏差
• 年，卷（期）: 2017,（11）
• 所属期刊栏目: 物理化学
• 页码范围: 2070-2076
• 页数: 7页
• 分类号: O641
• 字数: 5428字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7503/cjcu20170212

摘要

以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100 ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计算自由能(MM-PBSA),并在实验上利用等温滴定量热(ITC)仪测定了抗原和抗体相互作用的热力学参数.通过在结构变化、 能量变化及野生型与突变体比较等几个方面进行综合分析,给出了最佳的计算模型.对不同力场及水模型计算精度等相关问题进行了探讨.