基于SSR标记的桃品种遗传多样性分析及遗传相似系数比较

• 作者: 叶宇芸 张勇 张银平 汤浩茹 王清明 陈其阳 马建伟
• 来源期刊: 华南农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 桃 遗传多样性 遗传相似系数 EST-SSR 引物筛选
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 页码范围: 39-45
• 页数: 7页
• 分类号: S662.1
• 字数: 4798字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7671/j.issn.1001-411X.2017.03.007

摘要

[目的]利用NCBI数据库中桃的EST信息开发SSR引物,分析成都平原主栽桃品种的遗传多样性,探讨各遗传相似系数在桃SSR分析中的适用性,以期为桃种质资源的研究提供参考.[方法]利用来自NCBI-EST数据库的100对SSR引物对12个不同形态的桃品种进行PCR扩增,分析筛选20对多态性好、稳定性高且均匀分布于桃8个连锁群的引物对40个桃品种进行PCR扩增,并采用5个遗传相似系数分别对扩增结果进行分析.[结果]使用20对引物共检测出68个多态性等位基因位点,每对引物的等位基因数在2~5之间, 平均为3.4.多态信息含量在0.36~0.73间变化,平均为0.54.Jaccard相似系数为0.106~1.000;Jaccard系数的共表型相关系数rc最高,为0.772;Dice系数次之,为0.719;Jaccard和Dice系数的系统树一致性最高,CIc为1.Nei's基因多样性指数在种级水平上和类群水平上分别为0.603和0.374,相应的Shannon's信息指数分别为1.041和0.591.40个桃品种在聚类中首先分为观赏桃和食用桃2大类,再细分为各类群,聚类结果与传统系谱基本吻合.[结论]基于NCBI数据库中桃的EST信息开发的SSR引物多态性较好,可用于桃的SSR分析.Jaccard和Dice系数适合桃的SSR分析.桃品种总体遗传多样性较丰富,但水蜜桃品种仍需加强种质创新.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	汤浩茹	四川农业大学园艺学院	150	2302	23.0	42.0
2	张勇	四川农业大学园艺学院	50	712	12.0	26.0
3	王清明	四川农业大学园艺学院	7	54	4.0	7.0
5	马建伟	四川农业大学园艺学院	4	26	3.0	4.0
8	叶宇芸	四川农业大学园艺学院	6	7	2.0	2.0
9	张银平	四川农业大学园艺学院	2	5	1.0	2.0
10	陈其阳	四川农业大学园艺学院	3	7	2.0	2.0