小鼠急性未分型流感嗜血杆菌中耳炎差异基因的互作网络特征分析

• 作者: 何於娟 余林 刘佳丽 王子萌 王维 范芳梅 马毓蓉
• 来源期刊: 中华耳科学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 未分型流感嗜血杆菌 中耳炎 基因芯片 互作网络
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 94-98
• 页数: 5页
• 分类号: R764.21
• 字数: 3302字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-2922.2017.01.018

摘要

目的利用基因表达数据库(GEO)查找小鼠中耳炎表达谱基因芯片原始数据,建立中耳炎基因互作网络图.方法从公共数据库GEO中下载小鼠中耳炎相关数据集,采用Affymetrix Expression Console软件和Tran?scriptome Analysis Console(TAC)软件筛选差异表达基因,将差异基因导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导入Cytoscape 3.4.0软件中,筛选网络中心节点,并取其中相对独立、作用较为集中且与炎症基因相关子网络,采用David在线工具对其进行功能注释富集分析.结果共筛选出1166个差异表达基因,其中表达上调793个,表达下调373个,经STRING在线工具筛选后共有459个小鼠中耳炎差异基因编码的蛋白存在相互作用,并得到相应蛋白互作网络,分析其中与炎症相关子网络.结论本研究利用生物信息学技术构建了中耳炎差异基因互作网络,其中的网络中心节点基因,对于中耳炎分子机制研究及靶向治疗具有指导作用.