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基于Jaccard系数提高核磁共振波谱代谢物数据库匹配的精度
基于Jaccard系数提高核磁共振波谱代谢物数据库匹配的精度
作者:
刘展
彭谨
江华
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
代谢组学
核磁共振
峰匹配
Jaccard系数
HMDB
摘要:
NMR代谢组学检测完成后,人们通常基于化学位移值在人类代谢组学数据库(human metabolome data-base,HMDB)上进行手动代谢物匹配,然而该方法对代谢物的鉴定较为粗糙,准确度不高.本研究试图基于建立一种更加合理,且能够自动寻峰并根据数据库匹配代谢物方法.通过分析HMDB的峰匹配方法,提出了基于Jaccard系数和匹配率(匹配的峰数目/总峰数)的新方法,基于MATLAB编程实现,然后比较HMDB中1D NMR search和本方法对于同一段随机化学位移列表的匹配结果.分析结果显示,对于同一随机化学位移列表,HMDB的匹配结果中排在前20位的物质峰数目超过16的占60%,说明其匹配方法偏向于峰数目较多的物质;HMDB用于峰匹配排序的评分与峰匹配率有明显区别,而本方法匹配评分与匹配率较为接近;且HMDB匹配结果排在第10位的物质与该随机序列没有可匹配的化学位移值.本文对于HMDB峰匹配算法存在的不足进行了改进,并发现基于Jaccard分数的匹配算法能够提高根据代谢物数据库进行NMR代谢物鉴定的精度.
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文献信息
篇名
基于Jaccard系数提高核磁共振波谱代谢物数据库匹配的精度
来源期刊
化学研究与应用
学科
医学
关键词
代谢组学
核磁共振
峰匹配
Jaccard系数
HMDB
年,卷(期)
2017,(12)
所属期刊栏目
研究方向
页码范围
1947-1952
页数
6页
分类号
R311
字数
3382字
语种
中文
DOI
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期刊影响力
化学研究与应用
主办单位:
四川省化学化工学会
四川大学
出版周期:
月刊
ISSN:
1004-1656
CN:
51-1378/O6
开本:
大16开
出版地:
四川省成都市武侯区望江路29号四川大学化学学院内
邮发代号:
62-180
创刊时间:
1989
语种:
chi
出版文献量(篇)
6995
总下载数(次)
13
总被引数(次)
39631
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