天体物理成团研究中的非规则访存优化

• 作者: 司雨蒙 文敏华 林新华 郝赫 韦建文
• 来源期刊: 计算机科学与探索
• 学科: 工学
• 关键词: 天体物理成团 非规则访存优化 数据预排序 并行计算
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 高性能计算
• 页码范围: 80-90
• 页数: 11页
• 分类号: TP391
• 字数: 7383字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3778/j.issn.1673-9418.1512078

摘要

HGGF(halo-based galaxy group finder)算法实现了基于暗物质晕的星系找群,在研究宇宙大尺度结构及宇宙的演化等领域中占有至关重要的地位.但由于数据规模的增长,急需对HGGF算法进行优化,以缩短运行时间.经分析,算法的热点部分耗时受到非规则访存的严重影响,因此针对算法的结构和非规则访存模型,提出了数据预排序方法,并分析了该方法如何影响访存过程.在此基础上,利用数据对齐、循环分解进一步优化访存效率,利用负载均衡和互斥变量私有化的方法提高了OpenMP的并行效率,最终将HGGF应用使用12线程加速11.6倍,同时取得了更好的可扩展性.主要有三点贡献:(1)分析了HGGF算法的非规则访存问题;(2)提出并分析了数据预排序方法;(3)使用数据对齐、循环分解、负载均衡、互斥变量私有化方法提高了HGGF应用的并行性能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	文敏华	上海交通大学高性能计算中心	13	22	3.0	4.0
2	韦建文	上海交通大学高性能计算中心	13	41	3.0	6.0
3	郝赫	上海交通大学高性能计算中心	1	2	1.0	1.0
4	司雨蒙	上海交通大学高性能计算中心	1	2	1.0	1.0