翘嘴鳜微卫星标记亲权鉴定技术的建立与应用

• 作者: 叶星 孙成飞 曾庆凯 田园园 董浚键
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 翘嘴鳜 亲权鉴定 微卫星 单核苷酸多态性(SNP) 双酶切限制性酶切位点关联DNA测序(ddRAD-seq)
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 研究资源与技术改进
• 页码范围: 976-984
• 页数: 9页
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2017.06.012

摘要

翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)是中国重要的淡水优质养殖鱼类.为鉴定翘嘴鳜选育群体系谱,比较双酶切限制性酶切位点关联DNA测序(double digest restriction-site associated DNA sequencing,ddRAD-seq)与微卫星标记两种方法的鉴定效果,并建立翘嘴鳜亲权鉴定技术,本研究根据GenBank上的微卫星序列,设计并筛选11对具有特异性和多态性的引物,在4个己知系谱信息的全同胞家系扩增、分型与验证.聚类结果显示,这11对微卫星引物可将这4个全同胞家系分成4个支,与实际系谱情况相符.利用ddRAD-seq获得3 283个SNP标记,构建包含155个同胞个体以及12个其他非同胞个体的聚类树,这12个非同胞个体可被有效区分.采用以上11对微卫星引物检测此12个非同胞个体、8个同胞个体及其亲本并构建聚类树,结果显示,8个同胞个体样本与其亲本聚为一支,12个非同胞个体则聚为另一支,说明此11个微卫星位点具有较好的家系鉴定能力.采用这11对微卫星引物对由7尾雄性、13尾雌性选育亲本繁育的126尾子代进行亲权鉴定,模拟分析发现,各微卫星位点的双亲非亲排除率为0.276～0.895,最高累计双亲非亲排除率为99.999％;亲权鉴定结果显示,126个子代中有105尾成功构建系谱信息,鉴定成功率为83.3％,说明这11个位点不仅具有较高的累计排除率,在实际应用中也可有较好的鉴定效果.本研究中翘嘴鳜亲权鉴定技术的建立将为翘嘴鳜选育种提供有效的系谱鉴定技术手段.