基于本草基因组学应用流式量测序技术检测人参基因组大小

• 作者: 刘志香 廖保生 张小燕 徐江 盛玮 肖水明
• 来源期刊: 世界科学技术-中医药现代化
• 学科: 医学
• 关键词: 人参 基因组大小 流式细胞术 高通量测序 本草基因组学
• 年，卷（期）: 2017,（10）
• 所属期刊栏目: 中药研究
• 页码范围: 1724-1728
• 页数: 5页
• 分类号: R331
• 字数: 3569字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11842/wst.2017.10.023

摘要

人参(Ginseng)是五加科植物人参(Panax ginsengC.A.Mey.)的干燥根和根茎.由于其基因组数据的缺乏制约了人参基础研究和产业发展.本实验以水稻(Oryza sativa ssp.Nipponbare)和大豆(Glycine max (L.) Merrill)为内参,通过流式细胞术检测人参基因组大小约为3.42 Gb;同时,分别构建人参基因组插入片段大小为250 bp和500 bp的鸟枪法(shotgun)文库,利用Illumina HiseqXTen平台进行双端PE 150高通量测序,过滤原始测序数据后获得183.82 Gb高质量数据,K-mer分析法预估人参基因组大小为3.35 Gb,测序深度为54.87 X.本研究采用流式细胞术结合K-mer分析法测定人参基因组大小,为人参全基因组测序以及本草基因组学的研究提供基础数据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐江	中国中医科学院中药研究所	37	364	11.0	18.0
2	盛玮	淮北师范大学生命科学学院	32	92	5.0	8.0
3	廖保生	中国中医科学院中药研究所	3	5	2.0	2.0
4	张小燕	淮北师范大学生命科学学院	2	3	1.0	1.0
8	刘志香	中国中医科学院中药研究所	2	3	1.0	1.0
9	肖水明	中国中医科学院中药研究所	2	3	1.0	1.0