甜橙和柚中CTV强弱毒株系p20的遗传变异

• 作者: 吴根土 周常勇 周彦 孙现超 王亚飞 王雪峰 阮涛 青玲
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 柑橘衰退病毒 p20 种群 遗传变异
• 年，卷（期）: 2017,（7）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 1343-1350
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.07.017

摘要

[目的]对7个柑橘衰退病毒(CTV)株系进行遗传变异研究,明确寄主甜橙和柚中CTV强弱毒株系p20的变异水平.[方法]运用RT-PCR、克隆及测序等技术建立CTV p20种群,并借助MEGA6构建单倍型系统发育树,运用软件DNAStar对两种寄主中CTV强弱毒种群的遗传结构、变异水平进行分析,运用DnaSP软件对各种群进行单倍型多样性、核苷酸多样性分析和中性检验分析.[结果]构建了7个CTV p20种群,由1 62条序列构成,包含11个单倍型,单个种群有1个或更多单倍型出现.序列分析发现,来自不同种群的单倍型对应的原始核苷酸序列一致性为88.2％-100.0％,对应的氨基酸序列的一致性为92.3％-100.0％,最低的氨基酸序列一致性发生在CT23-1和CT9-2之间;其中单倍型PeraIAC-4、CT22和CT9-1共有50条序列,对应的原始核苷酸序列一致性为100.0％,属优势单倍型,与标准株系T36亲缘关系较近;单倍型多样性最丰富的是甜橙种群PeraIAC,单倍型多样性为0.800,而单倍型多样性最低的是柚种群CT22,单倍型多样性为0.170;相比柚种群的单倍型多样性(0.170-0.552)和核苷酸多样性(0.00032-0.05919),甜橙种群具有更为丰富的单倍型多样性(0.513-0.800)和核苷酸多样性(0.04208-0.05677).系统发育树分析表明,来自甜橙的分离株种群结构复杂,甜橙种群中检测到的单倍型与标准株系T30、T36、VT和T3均有相关性;与标准株系T3相距很近的CT31-2与优势单倍型在系统发育树上距离最远,对应的原始核苷酸序列一致性仅为88.3％.中性检验结果表明,CTV甜橙种群趋于平衡或收缩状态,而CTV柚种群除CT23外则趋于扩张状态;其中TR-514Y、CT31和CT23种群的Tajima'sD值、Fu和Li'sD*值以及Fu和Li's F*值均为正值且达到显著水平,而CT9种群的Tajima'sD值、Fu和Li'sD*值以及Fu和Li's F*值均为负值且达到显著水平.运用DnaSP软件对各种群进行重组分析表明,在各种群中均未检测到重组事件发生.种群变异分析发现,各种群突变克隆百分比在0-30.8％,碱基突变频率在0-7.706×101,其中CTV甜橙强毒种群有最高的突变克隆百分比(30.8％),最高的碱基突变频率(7.706×10-4),最多的碱基突变数量(11个)和最多的突变位点(7个);CTV甜橙弱毒种群的突变克隆百分比和碱基突变频率均明显低于甜橙强毒种群,CTV柚弱毒种群的突变克隆百分比和碱基突变频率略低于柚强毒种群.碱基突变类型分析发现碱基突变以碱基替代为主,其中A→G突变为优势类型,仅在柚强毒种群CT3的1 56和1 57位点间检测到一个碱基插入突变类型,为碱基A插入,未检测到碱基缺失突变类型.[结论]在寄主甜橙和柚中CTV强弱毒p20种群结构及变异存在差异,CTV甜橙种群有着更复杂的种群结构和更高的种群变异水平,且CTV强毒种群变异更大.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周彦	中国农业科学院柑桔研究所	25	265	10.0	15.0
2	周常勇	中国农业科学院柑桔研究所	67	764	16.0	23.0
3	王雪峰	中国农业科学院柑桔研究所	25	222	10.0	14.0
4	孙现超	西南大学植物保护学院	55	220	9.0	11.0
5	青玲	西南大学植物保护学院	47	293	9.0	12.0
7	王亚飞	西南大学植物保护学院	4	49	3.0	4.0
8	阮涛	西南大学植物保护学院	7	44	4.0	6.0
9	吴根土	西南大学植物保护学院	7	27	4.0	5.0