胰腺癌特异性差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络的构建

• 作者: 何江洋 李奉喜 牛跃平 黄垂国
• 来源期刊: 郑州大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 胰腺癌 ceRNA lncRNA 生物标志物
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 应用研究
• 页码范围: 457-462
• 页数: 6页
• 分类号: R735.9
• 字数: 2360字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13705/j.issn.1671-6825.2017.09.023

摘要

目的:构建胰腺癌特异性长链非编码RNA(lncRNA)相关的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络.方法:从TCGA数据库下载178个胰腺癌及4个正常胰腺样本的RNA表达谱数据及相应的临床资料,对比分析差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,基于lncRNA-miRNA在线预测工具miRcode数据库以及miRNA靶基因预测数据库(miRDB、miRTarBase、TargetScan)筛选,构建差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络.针对网络中的关键ln-cRNA和相应的靶基因进行生存分析.结果:成功构建了胰腺癌特异性lncRNA相关的ceRNA调控网络,该网络包括12个lncRNA,5个miRNA,54个mRNA.KEGG信号通路和GO功能分析结果表明,靶基因主要富集在"TNF sig-naling pathway""Jak-STAT signaling pathway""Apoptosis multiple species""MAPK signaling pathway"等通路,与"cellu-lar process""biological regulation""regulation of cellular process"等功能关系密切.生存分析结果表明,lncRNA MIR600HR、C9orf139、RP11-796E2.4、AC104809.2,以及靶基因CDHR1、CYFIP2、IL10RA、MAP3K1、SSH2、TSPAN1、VAMP1,与胰腺癌预后关系密切.结论:成功构建了胰腺癌特异性lncRNA相关的ceRNA调控网络,为胰腺癌的诊断、治疗和预后评估提供了潜在靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	牛跃平	郑州大学第二附属医院普通外科	41	188	6.0	12.0
2	何江洋	郑州大学第二附属医院普通外科	3	7	2.0	2.0
3	李奉喜	广西国际壮医医院普通外科	1	2	1.0	1.0
4	黄垂国	郑州大学第二附属医院泌尿外科	8	46	4.0	6.0