基于全基因表达谱的骨关节炎软骨下骨转录因子预测及分析

• 作者: 于兵 张大卫 张荣凯 李国威 杨禄坤 江东
• 来源期刊: 中国骨伤
• 关键词: 基因芯片 骨关节炎 软骨,关节 转录因子
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 165-169
• 页数: 5页
• 字数: 2335字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1003-0034.2018.02.014

摘要

目的:利用生物信息分析方法对骨关节炎软骨下骨全基因表达谱进行转录因子预测及分析.方法:下载基因芯片实验数据(GSE30322),使用软件包limma packagein R(版本:3.3.1)筛选差异表达基因,筛选差异基因的标准以基因表达上调或下调的倍数≥2为标准(P＜0.05),进一步使用Cytoscape软件(版本:3.4.0)的iRegulon插件预测分析调控这些差异表达基因的转录因子,并分析预测的转录因子所调控的差异表达基因.结果:发现上调的差异表达基因可能相关15个转录因子及其相对应的靶基因:FOXN4,NANOS1,E2F6,RAD21,MECOM,ETS1,MEF2A,POU2F3, BRCA1,GATA3,ZNF706,ZBTB33,SUZ12,DBP,SETDB1等.发现下调的差异表达基因可能相关12个转录因子及其相对应的靶基因:ARID3A,YY1,RDBP,ATF1,CRX,TAF1,XBP1,SOX3,E2F4,PGR,TIMM8A,HOXA2等.结论:预测分析的转录因子可能在骨关节炎软骨下骨致病机制调控中起了重要作用,其有可能成为新的防治骨关节炎的靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张荣凯	中山大学附属第五医院骨科	19	107	6.0	9.0
2	江东	中山大学附属第五医院泌尿外科	11	30	3.0	4.0
3	李国威	中山大学附属第五医院骨科	21	146	7.0	11.0
4	杨禄坤	中山大学附属第五医院麻醉科	45	175	7.0	11.0
5	张大卫	中山大学附属第五医院骨科	6	25	3.0	4.0
6	于兵	中山大学附属第五医院骨科	9	71	4.0	8.0