棘腹蛙线粒体局部重复序列非排序聚类

• 作者: 夏云 曹跃 郑渝池
• 来源期刊: 四川动物
• 学科: 生物学
• 关键词: 棘腹蛙 线粒体DNA 非排序比对 聚类 重复序列 拓扑结构距离 蛋白编码序列 最大似然树
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 261-267
• 页数: 7页
• 分类号: Q959.5
• 字数: 4571字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11984/j.issn.1000-7083.20180022

摘要

动物线粒体基因组发生局部串联复制后,涉及区域具有多基因拷贝、假基因化、大量插入缺失的特点,难以排序和构建基因树.而不依赖排序的聚类方法理论上可用来归纳和展示这类序列的差异,但未见相关评估和运用.本研究选取棘腹蛙Quasipaa boulengeri 19号个体,以3类常用的基于特定长度(k)子序列集的非排序算法,依次设k值为4、6、8……20,对其轻链复制起点邻近复制区域583～695 bp的序列进行聚类.构建相同个体线粒体1 518 bp蛋白编码序列最大似然树为参照,计算和考查两者间拓扑结构距离和差异.所评估的28种算法中,半数可在主要为8的特定k值下产生和最大似然树拓扑结构相差仅2个节点(11.8％)的聚类树,部分算法在不同k值下均表现不佳,较小的k值(4)适合解析差异程度相对较高的序列间关系.这些结果例证了动物线粒体重复序列非排序聚类的可行性,其中的算法、k值理想组合可能适合类似系统.建议对其他类型的复制重排系统进行类似评估.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑渝池	中国科学院成都生物研究所两栖爬行动物研究室	10	52	5.0	7.0
2	夏云	中国科学院成都生物研究所两栖爬行动物研究室	11	39	3.0	6.0
3	曹跃	中国科学院成都生物研究所两栖爬行动物研究室	1	0	0.0	0.0