玉米株型相关性状的全基因组关联分析

• 作者: 刘坤 孙高阳 张雪海 李卫华 汤继华 薛亚东 谢惠玲 郭战勇 郭海平 闫鹏帅 陈思远
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 玉米(Zea nays L.) 全基因组关联分析(GWAS) 株型性状 理想株型
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 821-834
• 页数: 14页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2018.05.002

摘要

[目的]玉米株型性状与植株产量、光合效率、抗倒性等密切相关,是理想株型设计育种的基础,通过对玉米多个株型相关性状进行全基因组关联分析,构建玉米理想株型,为抗倒伏、耐密性的玉米新品种选育提供理论基础.[方法]以284份温带、亚热带和热带材料组成的关联群体为研究对象,在郑州与浚县2个环境下对玉米总叶片数(LN)、穗上叶片数(LNAN)、穗上叶片数与总叶片数比值(LNAN/LN)、株高(PH)、穗位高(EH)、穗位高与株高的比值(EH/PH)等6个玉米株型相关性状进行调查,借助覆盖玉米全基因组约56万个SNP标记,进行全基因组关联分析,以期为玉米新品种的选育提供理论依据.[结果]2个环境下,6个性状均表现为正态分布;大多数性状之间均存在高度正相关或负相关;方差分析表明这6个株型相关性状的基因型与环境以及基因型×环境的互作均达到显著水平.在选择最优关联分析模型时,发现Q模型假阳性较高,Q+K模型对假阳性的控制过于严格,而K模型的表现最好;在2个环境下,全基因组关联分析(K模型)共检测到56个显著SNP-性状关联(P≤3.99E-6),这些SNPs共涉及5个性状的17个位点,每个位点解释的表型变异从7.97％-10.56％不等.同时发现有4个位点能够在2个环境中同时被检测到,表明这4个位点受环境影响较小,在不同环境下可以稳定存在.通过对显著关联的SNP上下游各50 kb范围内候选基因进行搜索,共发现80个候选基因,其中42个具有功能注释.例如,与株高和穗位高显著相关的基因GRMZM2G161293编码一个具有乙酰葡糖转移酶活性的蛋白,该酶催化UDP-N-乙酰氨基葡萄糖生成糖过程中的N-乙酰葡糖氨基残基的转移,可能通过影响玉米籽粒可溶性糖含量进而影响产量,推测其为最可能的候选基因. [结论]K模型对假阳性的控制效果最好,基于K模型的GWAS结果,一共检测到1 7个株型性状相关的位点.