利用GEO数据库寻找结直肠癌肝转移生物标志物

• 作者: 宫之奇 朱呈瞻 牛兆建 王一休 薛伟杰 薛清凯 金鑫亮
• 来源期刊: 精准医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 计算生物学 数据库,遗传学 结直肠肿瘤 肿瘤转移 肝肿瘤 生物标记,肿瘤
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 546-549,554
• 页数: 5页
• 分类号: R735.3|R-05
• 字数: 3760字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13362/j.jpmed.201806019

摘要

目的 利用生物信息学分析方法寻找结直肠癌(CRC)肝转移生物标志物.方法 在公共基因芯片数据库(GEO)下载CRC数据,获得2个数据集共261个样本,其中包含167个非转移样本和94个转移样本,对两批样本混合后随机拆分成训练集195个样本(75％)和验证集66个样本(25％).对两批数据芯片中提供的原始数据进行Robust Multi-chip Average (RMA)归一化处理,然后利用R-package Combat去除批次效应.筛选在转移组和非转移组t检验P＜0.05的基因(426个基因)进行CRC转移相关标志物筛选.结果 利用Lasso回归算法对426个基因进行重要性排序,按重要性排序筛选出了CD163L1、FAM210B、LGR5、LRRC16A、PIK3R3、PLEKHA6、PROSER2、RBBP9、SEMA6D、STOM、THBS1、ZNF544前12个基因作为潜在的CRC转移相关标志物.结论 通过生物信息学对基因芯片数据的分析,筛选出了CRC肝转移的相关生物标志物,可为后续研究提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	牛兆建	青岛大学附属医院胃肠外科	40	165	7.0	12.0
2	朱呈瞻	青岛大学附属医院胃肠外科	11	12	2.0	3.0
3	金鑫亮	青岛大学附属医院胃肠外科	3	1	1.0	1.0
4	薛清凯	青岛大学附属医院胃肠外科	4	1	1.0	1.0
5	宫之奇	青岛大学附属医院胃肠外科	4	1	1.0	1.0
6	薛伟杰	青岛大学附属医院胃肠外科	4	1	1.0	1.0
7	王一休	青岛大学附属医院胃肠外科	4	1	1.0	1.0