基因芯片技术检测NOB1对骨肉瘤细胞相关基因的调控作用

• 作者: 任明 李容杭 王金成 陈炳鹏 韩青
• 来源期刊: 吉林大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: NOB1基因 骨肉瘤 基因表达谱 短发夹RNA
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 929-934
• 页数: 6页
• 分类号: R738.1|Q78
• 字数: 3859字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13481/j.1671-587x.20180508

摘要

目的:探讨应用基因芯片技术筛选出可能受NOB1调控的基因,阐明NOB1对骨肉瘤细胞相关基因表达的调控作用.方法:应用慢病毒介导的短发夹RNA (shRNA)干扰技术建立抑制NOB1 mRNA表达的Lv-shNOB1-U2OS骨肉瘤细胞株,实验分为2组,分别为对照病毒液感染U2OS骨肉瘤细胞(Lv-shCon-U2OS)组和含NOB1干扰质粒病毒感染U2OS骨肉瘤细胞(Lv-shNOB1-U2OS)组.利用mRNA表达谱芯片对Lv-shCon-U2OS组和Lv-shNOB1-U2OS组细胞分别行表达谱分析,并利用生物信息学数据库肿瘤基因(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)预测miRNA参与调控的生物学过程、细胞组分、分子功能和信号通路.结果:mRNA表达谱芯片数据显示,NOB1干扰后共有792个基因mRNA表达水平上调,1 059个基因mRNA表达水平下调,总共差异变化基因为1 851个.GO分析,从细胞位置条目的富集程度来看,差异基因编码产物蛋白主要分布于细胞质膜上,占总差异基因的56.9％,分布于细胞外区域的差异基因编码产物蛋白占总差异基因的39.4％,分布于细胞外空间占总差异基因的20％;从分子功能条目的富集程度来看,差异基因编码产物蛋白主要功能为钙离子结合相关功能(占总差异基因的22％),其次功能为转运子活性(占总差异基因的9.2％),第3位功能为肌动蛋白结合活性,(占总差异基因的8.7％);从生化过程条目的富集程度来看,差异基因编码产物蛋白主要参与过程为信号转导(占总差异基因的18.7％),其次参与过程为多种细胞器的生成(占总差异基因的15.6％),第3位过程为细胞黏附过程(占总差异基因的10.2％);KEGG分析,差异分子所编码的蛋白涉及领域包括细胞质膜成分、钙离子结合活性以及信号转导过程.结论:敲除NOB1可以对骨肉瘤细胞相关基因表达产生全方位的影响.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	任明	吉林大学第二医院骨科	47	209	7.0	12.0
2	王金成	吉林大学第二医院骨科	116	502	11.0	14.0
3	韩青	吉林大学第二医院骨科	22	55	4.0	6.0
4	陈炳鹏	吉林大学第二医院骨科	17	55	3.0	6.0
5	李容杭	吉林大学第二医院骨科	15	46	5.0	6.0