三叶青根与茎叶转录组和差异性表达分析

• 作者: 刘洪旭 徐小妹 杨兴全 林文津 邓思珊 马丽红
• 来源期刊: 中国中医药信息杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 三叶青 转录组 基因 表达差异
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 中药研究与开发
• 页码范围: 75-78
• 页数: 4页
• 分类号: R282.5
• 字数: 3338字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-5304.2018.07.018

摘要

目的 采用Illumina HiSeq 4000测序技术获得三叶青转录组数据,为三叶青分子生物学研究提供重要分子信息.方法 以三叶青根和茎叶为材料,进行转录组测序,对测试数据进行基因功能注释、代谢途径及微卫星等的生物信息学分析.结果 共获得24.13 Gb Clean Data,拼接组装得到84 433条Unigene,与7个基因数据库进行比对,最终获得47 766个有注释信息的Unigene.在GO数据库中注释27 790条,其根和茎叶的差异表达基因数目为4989个,其中上调为3511个,下调为1478个;COG数据库得到16 152条三叶青Unigene的同源序列,共分为25个类别;在KEGG数据库有14 511条Unigene获得对应的Ko编号,可分为130个信号代谢分支,其中核糖体合成途径的Unigene数量最多,有1042条,而异黄酮的生物合成途径只有1条Unigene.结论 对三叶青转录组进行拼接、组装和功能注释得到大量转录本信息,为三叶青分子生物学研究提供基因组数据库资源.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林文津	福建省医学科学研究院福建省医学测试重点实验室	63	312	7.0	15.0
2	邓思珊	福建省医学科学研究院福建省医学测试重点实验室	55	282	10.0	13.0
3	刘洪旭	福建省医学科学研究院福建省医学测试重点实验室	28	78	4.0	6.0
4	徐小妹	福建省医学科学研究院福建省医学测试重点实验室	12	30	3.0	4.0
5	杨兴全	福建省医学科学研究院福建省医学测试重点实验室	4	10	2.0	3.0
6	马丽红	福建省医学科学研究院福建省医学测试重点实验室	4	7	2.0	2.0