向日葵锈菌转录组SNP位点挖掘及所在基因功能注释

• 作者: 景岚 李鑫淳 王妍
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 向日葵锈菌 转录组 单核苷酸多态性 功能注释
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 页码范围: 92-98
• 页数: 7页
• 分类号: S435.655|Q78
• 字数: 5895字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2018.03.015

摘要

为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr、Nt注释、GO分类、COG分类、KEGG代谢通路注释与PHI比对.结果发现,共有29966个SNP位点分别分布在8321条Unigene上,SNP发生的频率为1/2764 bp,其中转换19599个,颠换10367个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达32.80％和32.60％.注释结果表明,分别有79.46％,43.00％的序列被注释到Nr、Nt数据库中,基因中涉及最多的为遗传信息过程通路,以翻译为主;最后将这些含SNP Unigene与病原菌寄主互作数据库PHI比对,共筛选到961条可能与向日葵锈菌致病性相关的含SNP的序列,因而认为,锈菌的致病性是由真菌细胞壁修饰蛋白和潜在的致病效应蛋白所致.结果可为以后进一步开发SNP遗传多态性、遗传图谱的构建提供理论依据,为研究向日葵锈菌毒力与功能奠定基础,并对向日葵的抗病育种研究具有重大意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	景岚	内蒙古农业大学农学院	52	289	9.0	13.0
2	王妍	内蒙古农业大学农学院	2	3	1.0	1.0
3	李鑫淳	内蒙古农业大学农学院	2	2	1.0	1.0