向日葵锈菌夏孢子转录组微卫星特征分析

• 作者: 景岚 王妍 赵诗慧 郭丹丹
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 向日葵锈菌 转录组 微卫星特征
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 土肥植保
• 页码范围: 824-830
• 页数: 7页
• 分类号: S435.655
• 字数: 5375字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7505/j.issn.1007-9084.2016.06.017

摘要

为大规模开发有效的向日葵锈菌SSR标记，根据向日葵锈菌转录组数据，使用Ubuntu 12．04 LTS系统的Perl操作平台MISA软件对向日葵锈菌转录组序列进行高通量微卫星SSR位点发掘。在15946条转录本中发现20861个SSR，平均3．97kb出现一个SSR。共发现244种碱基重复模式，（A／T）n 所占比例最高，达到88．24％。在42610条注释成功的向日葵锈菌unigene中，含有SSR的序列14069条，共发现18100个SSR位点，其中位于编码区1057个，出现频率为0．3822 SSR／kb，非编码区为0．3001 SSR／kb；其中以单核苷重复基序为主导，共有19046条，占总SSR的59．5％；其次是三碱基微卫星（804，占3．86％）。大部分微卫星长度小于20bp，长度大于20bp的仅占7．37％。研究结果显示，微卫星与基因平均表达水平存在关联，含微卫星基因的平均表达水平低于不含微卫星基因的平均表达水平。包含SSR的15946条unigene中只有5863个unigene获得了GO分类号，被注释到分子功能、生物进程、细胞组分三大本体。通过生物信息学软件得到的转录组SSR标记位点可用于后续向日葵锈菌遗传多样性研究，而且对其他非模式生物或新物种SSR标记开发也具有重要的参考作用。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	景岚	内蒙古农业大学农学院	52	289	9.0	13.0
2	郭丹丹	内蒙古农业大学农学院	3	4	1.0	1.0
3	王妍	内蒙古农业大学农学院	2	3	1.0	1.0
4	赵诗慧	内蒙古农业大学农学院	2	2	1.0	1.0