摘要:
目的:研究银翘散中17个主要抗流感病毒成分与神经氨酸酶(NA)的结合模式和相互作用.方法:采用CORINA、UCSFChimera 1.3、AutoDock Tools 1.5.4等分子对接软件,将银翘散中的甘草素、甘草苷、绿原酸、3,3',4-三甲氧基鞣花酸等17个活性成分及阳性对照扎那米韦的二维结构转化成三维结构,确立其空间坐标,再设置受体蛋白NA的网格,并运行对接程序进行对接运算.以估计抑制常数(Ki)和结合自由能(△Gbind)为参考指标,比较对接分子的虚拟活性差异,并从对接构象上分析产生活性差异的原因.结果:在17个活性成分中,绿原酸对接的Ki值为1.20 μtmol/L,△Gbind值为-8.08 kcal/mol(1 kcal=4.184 kJ),优于扎那米韦(Ki值为2.26 μmol/L,△Gbind值为-7.70 kcal/mol);3,3',4-三甲氧基鞣花酸对接数据最差,Ki值和△Gbind值分别为149.41 μmol/L、-5.22 kcal/mol.在对接构象上,绿原酸与扎那米韦相似,在空间上更加匹配NA活性腔的活性位点,占据了除S5以外的所有活性位点,呈现出与NA较强的结合作用.3,3',4-三甲氧基鞣花酸的平面分子结构限制了其与NA多个活性位点结合,对接构象不牢固.结论:绿原酸可能是银翘散中最强的抗流感病毒活性成分,其虚拟活性强于扎那米韦;3,3',4-三甲氧基鞣花酸空间上与NA活性腔不匹配,虚拟活性最弱.本研究可为NA抑制剂的开发提供一定的理论指导.