应用sheⅡ脚本批量分析肠道病毒Sanger测序结果

• 作者: 刘园 李洁 杨扬 林长缨 梁志超 王斌
• 来源期刊: 国际病毒学杂志
• 关键词: Shell脚本 Sanger测序 手足口病 肠道病毒
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 45-49
• 页数: 5页
• 字数: 4138字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1673-4092.2019.01.013

摘要

目的 编写shell脚本,批量完成柯萨奇病毒等肠道病毒Sanger测序结果的数据处理和比对分析,并为后续工作准备数据文件.方法 选择已完成手工分析的柯萨奇病毒等肠道病毒VP1基因测序文件,编写shell脚本模拟手工分析程序,顺序使用phred、phd2fasta和phrap等三个软件和单机版NCBI-BLAST软件可完成从碱基识别至序列比对的全部工作.比对结束后使用Linux命令筛选信息,生成样本和匹配的序列名称文件、基因型以及用于后续分析的序列文件.使用MEGA 6.0软件比较手工分析得到的序列与shel脚本计算得到的序列之间的相似性,评价shell脚本分析的可靠性.结果 使用shell脚本可完成所有功能.Shell脚本计算和手工分析的比对结果完全符合.结论 shell脚本分析缩短了测序结果分析中重复工作耗费的时间,使研究人员可更加专注于序列后续分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘园	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所	22	229	9.0	15.0
2	李洁	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所	77	588	14.0	21.0
3	梁志超	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所	7	16	3.0	4.0
4	王斌	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所	3	12	1.0	3.0
5	杨扬	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所	5	19	2.0	4.0