苹果NBS-encoding基因对斑点落叶病菌侵染的表达响应

• 作者: 仲岩 程宗明 童月霞 胡晓璇
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苹果斑点落叶病 NBS-encoding基因 表达模式 选择压力 共表达网络
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 植物科学
• 页码范围: 253-260
• 页数: 8页
• 分类号: S661.1
• 字数: 4688字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7685/jnau.201806006

摘要

[目的]本文旨在分析苹果差异表达NBS-encoding基因的特征,挖掘在苹果斑点落叶病菌侵染过程中的潜在响应基因.[方法]通过苹果斑点落叶病菌侵染‘红星’后的RNA-seq数据筛选出差异表达的NBS-encoding基因,并利用ProtParam、Pfam、SMART等网站分析了其理化性质;利用R studio软件构建表达热图并分析其表达模式;利用FastTree 2软件构建苹果NBS-encoding基因家族的系统进化树,并利用MEGA 6.0软件计算差异表达的NBS-encoding基因所在系统进化支的Ka/Ks值,研究NBS-encoding基因在进化过程中受到的选择压力;利用Cytoscape 3.0软件构建共表达网络图,分析NBS-encoding基因之间的关联性.[结果]共筛选得到了19个差异表达NBS-encoding基因.表达模式分析表明,有3个基因(登录号为MDP0000259862、MDP0000304378和MDP0000292810)可能在响应苹果斑点落叶病的过程中起了关键作用.19个差异表达基因分布在系统进化树的15个进化支中,其中进化支10、12、14、15的平均Ka/Ks值均大于1,说明这些进化支中的基因受到正选择压力的作用,尤其是登录号为MDP0000210357、MDP0000751628、MDP0000147704和MDP0000372663的基因;而其余15个NBS-encoding基因的平均Ka/Ks值均小于1,说明它们受到纯化选择的作用.此外,有16个基因处于同一个共表达网络中,登录号为MDP0000210357、MDP0000240537和MDP0000291205的基因扮演着重要的角色.[结论]19个苹果NBS-encoding基因参与苹果斑点落叶病菌侵染后的响应过程,其中登录号为MDP0000259862、MDP0000304378、MDP0000292810、MDP0000210357、MDP0000240537和MDP0000291205的基因可作为候选基因进行苹果抗病品种选育.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	程宗明	南京农业大学园艺学院	7	24	3.0	4.0
2	童月霞	南京农业大学园艺学院	1	1	1.0	1.0
3	胡晓璇	南京农业大学园艺学院	1	1	1.0	1.0
4	仲岩	南京农业大学园艺学院	1	1	1.0	1.0