采用ForenSeqTM DNA Signature Prep试剂盒进行祖先推断

• 作者: 乌日嘎 孙宏钰 彭丹 李海霞 李燃 汪娜娜 沈雪枫
• 来源期刊: 法医学杂志
• 学科: 政治法律
• 关键词: 法医遗传学 多态性,单核苷酸 祖先推断 二代测序
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 人体表征分子鉴识专题
• 页码范围: 560-566
• 页数: 7页
• 分类号: DF795.2
• 字数: 5451字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12116/j.issn.1004-5619.2019.05.009

摘要

目的 评估ForenSeqTM DNA Signature Prep试剂盒中56个祖先信息单核苷酸多态性(ancestry informative single nucleotide polymorphism,aiSNP)遗传标记进行祖先推断的效果.方法 采集我国河北汉族、内蒙古自治区蒙古族、西藏自治区藏族、新疆维吾尔自治区维吾尔族和尼日利亚5个群体共85个样本,采用ForenSeqTM DNA Signature Prep试剂盒构建文库,基于MiSeq FGx法医基因组学系统进行测序,对获得的56个aiSNP分型数据分别采用ForenSeqTM通用分析软件(universal analysis software,UAS)、主成分分析(principle component analysis,PCA)、Structure和似然比方法进行群体间遗传关系分析和祖先来源推断. 结果 在所检测的5个群体中,我国的4个民族(河北汉族、内蒙古自治区蒙古族、西藏自治区藏族和新疆维吾尔自治区维吾尔族)与尼日利亚群体可明确区分;新疆维吾尔自治区维吾尔族个体显示为混合祖先来源,能与中国其他3个群体进行区分;而中国的其他3个群体(河北汉族、内蒙古自治区蒙古族和西藏自治区藏族)使用该体系不能有效区分. 结论 ForenSeqTMDNA Signature Prep试剂盒的56个aiSNP可从洲际水平准确进行族源推断,但尚不能实现中国群体之间的区分.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙宏钰	中山大学中山医学院法医学系	69	492	13.0	18.0
2	彭丹	中山大学中山医学院法医学系	8	64	2.0	8.0
3	李燃	中山大学中山医学院法医学系	8	20	2.0	4.0
4	李海霞	中山大学中山医学院法医学系	25	128	5.0	11.0
5	乌日嘎	中山大学中山医学院法医学系	3	5	2.0	2.0
6	汪娜娜	中山大学中山医学院法医学系	3	2	1.0	1.0
7	沈雪枫	中山大学中山医学院法医学系	1	2	1.0	1.0