miR-338-3p在恶性肿瘤中的表达异常及其表观遗传组蛋白的修饰位点

• 作者: 倪磊 刘利英 李茜 王文静 王晓霏 童东东 郭波
• 来源期刊: 西安交通大学学报（医学版）
• 关键词: miR-338-3p TCGA数据库 染色质免疫共沉淀 组蛋白修饰 表观遗传
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 706-710,721
• 页数: 6页
• 分类号: R34
• 语种: 中文
• DOI: 10.7652/jdyxb201905008

摘要

目的 探讨不同种类肿瘤中miR-338-3p表达谱及其表达异常的表观遗传修饰调控机制.方法 生物信息学大数据库(TCGA Pan-Cancer)分析miR-338-3p在15种不同种类肿瘤组织中的表达谱;以胃癌为研究对象,分析数据库中45例正常胃组织和366例胃癌组织中miR-338-3p表达情况;CRCH37数据库预测miR-338-3p上游启动子区组蛋白修饰位点;利用染色质免疫共沉淀获取组蛋白结合的DNA,PCR扩增miR-338-3p启动子区片段,凝胶电泳验证PCR产物.结果 miR-338-3p在包括食道癌(ESCA)等不同种类肿瘤中表达异常,其中ESCA、头颈部鳞状细胞癌(HNSC)、肾嫌色细胞癌(KICH)、肾乳头状肾细胞癌(KIRP)、肺鳞癌(LUSC)和甲状腺癌(THCA)中表达显著下调(P＜0.05),而在结肠腺癌(COAD)、肾透明细胞癌(KIRC)和肝细胞肝癌(LIHC)表达显著上调(P＜0.05);366例胃癌组织中miR 338 3p表达普遍下调;染色质免疫共沉淀结合PCR证实组蛋白H3K9m2和H3K4m3是可能引起miR-338 3p下调的两个修饰位点.结论 miR-338 3p在胃癌中表达下调,组蛋白H3K9和H3K4甲基化修饰是潜在原因.