使用R语言metaMA程序包实现基因表达谱数据的Meta分析

• 作者: 张晨曦 李嘉兴 李胜 李贤菁 翁鸿 邓巧玲 阙雅婷 黄静宇
• 来源期刊: 中国循证心血管医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: R软件 基因芯片数据 metaMA分析流程
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 循证研究与临床转化·方法学
• 页码范围: 782-786
• 页数: 5页
• 分类号: R4
• 字数: 3887字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-4055.2019.07.05

摘要

基因芯片技术原理为杂交测序,即碱基互补配对原则.基因芯片技术发展迅速,是进行基因分析的有力工具.由于基因芯片类型及其数据格式的多样性,对基因组数据进行全面和完整的分析具有重要意义.R是一个免费、开源的统计分析软件,通过加载不同包,能实现对不同类型基因芯片的分析.使用基于R语言的metaMA包前,需要把不同研究基因转化为统一格式.通过加载metaMA包,使用Meta分析筛选出差异表达的基因.基因在病例组与对照组中的表达是否有差异,不同的实验可能得出不同的结论.Meta分析可综合这些实验结果,使结论更可靠.本文以3例口腔鳞状细胞癌研究获得的基因组数据为例,介绍如何使用R语言metaMA包找出不同研究中差异表达的基因.