山羊DCT基因启动子区甲基化水平、SNP与毛色特征关系研究

• 作者: 刘小辉 张乐超 李兰会 李祥龙 杜小龙 王涵 王麒 葛琳涵
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 山羊毛色 DCT基因 启动子区 甲基化 SNP
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 271-279
• 页数: 9页
• 分类号: S827.2
• 字数: 5717字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2019.02.005

摘要

旨在探究DCT基因启动子区甲基化水平和SNP突变对山羊毛色的影响,为探索DCT基因调控山羊毛色变化的机理提供理论依据.本研究以山羊为试验动物,对DCT基因启动子区进行CpG岛预测,设计引物对预测的2个CpG岛富集区域进行亚硫酸氢盐甲基化测序,使用甲基化水平分析软件BISMA统计甲基化位点,比较唐山奶山羊(白色)和南江黄羊(黑色品系)两种不同毛色山羊群体DCT基因启动子区甲基化水平差异.克隆DCT基因核心启动子区,筛选不同毛色山羊群体的SNPs,使用JASPAR和Nsite预测SNPs位点突变前后转录因子的改变,并检测比较突变前后DCT基因启动子活性变化.结果,成功克隆了山羊DCT基因启动子区甲基化序列及核心启动子区(g.-1045～-318).在g.-348～-150区域和g.+222～+502区域分别发现6个和23个甲基化位点,其中g.+312、g.+352和g.+400位点与g.+389和g.+404位点白色山羊甲基化水平分别显著和极显著高于黑色山羊(P＜0.05和P＜0.01),并且g.+222～+502区域白色山羊甲基化平均水平极显著高于黑色山羊(P＜0.01).在DCT基因核心启动子区的g.-804 T＞G、g.-705 C＞T和g.-679 G＞A,3个SNPs位点的基因型构成在白色山羊和3个有色山羊群体中存在差异,g.-804 T＞G突变导致该区域的SOX10转录因子结合位点缺失,DCT基因启动子活性显著下降(P＜0.05).结果显示,白色山羊DCT基因g.+222～+502区域的高甲基化水平,g.-804、g.-714和g.-679 3个位点的突变,尤其是g.-804 T＞G造成SOX10转录因子结合位点的缺失,突变的G型DCT基因启动子活性显著降低.因此,DCT基因启动子区SNP突变和高甲基化水平可能抑制了基因的表达从而形成山羊白色被毛.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李兰会	河北农业大学动物科技学院	120	583	13.0	17.0
3	刘小辉	河北农业大学动物科技学院	18	104	7.0	9.0
4	王涵	河北农业大学动物科技学院	7	8	2.0	2.0
5	葛琳涵	河北农业大学动物科技学院	4	5	2.0	2.0
8	杜小龙	河北农业大学动物科技学院	3	5	2.0	2.0
9	王麒	河北农业大学动物科技学院	7	16	2.0	3.0
10	张乐超	河北农业大学动物科技学院	10	23	3.0	4.0