可视化膜芯片技术用于结核分枝杆菌基因分型的研究

• 作者: 张国龙 朱岩昆 李辉 杨卫红 王少华 石洁 郑丹薇 马晓光
• 来源期刊: 中国病原生物学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 膜芯片技术 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 基因芯片
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 515-520
• 页数: 6页
• 分类号: R378.911
• 语种: 中文
• DOI: 10.13350/j.cjpb.190505

摘要

目的 建立用于结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型的膜芯片技术,并评估其应用价值. 方法 根据结核分枝杆菌直接重复序列43间隔子设计特异的分型探针并制作膜芯片,通过直接重复序列特异引物扩增基因组间隔子相应区段的DNA.扩增引物用生物素标记,扩增标记后的产物与芯片的探针杂交,根据显色后产生的斑点确定标本的基因亚型.对175株临床分离菌株用该方法进行分型,用传统膜杂交法作对照. 结果 H37Rv和BCG菌株DNA扩增产物与膜芯片杂交,43条探针均出现杂交斑点.用膜芯片技术杂交获得H37Rv和BCG菌株的基因亚型,与传统固相膜杂交结果一致.用该法对175株临床分离菌株进行分型,其中167株属于4个已知的基因家族,最大的一个为北京家族,占62.9％(110/175).北京家族中有107株为典型北京家族(1-34间隔区缺失),3株为北京样基因型(Beijing-like),即非典型北京家族(35-43间隔区也有缺失).T家族占30.9％(54/175),包括34株T1,14株T2,6株T3.2株Manu2和1株LAM9;未匹配8株,占4.6％(8/175).膜芯片技术杂交结果与传统膜杂交结果完全相同,耗时由膜杂交法的195 min缩短为22 min.方法的灵敏度为10个MTB/ml. 结论 膜芯片技术用于结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸基因分型灵敏度高且简便易行,适用于临床流行病学追踪与分析.