大理地区流行3a丙型肝炎病毒E基因序列分析

• 作者: 宝福凯 张米 柳爱华 王佳丽 王静林 马顺高
• 来源期刊: 中国病原生物学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 丙型肝炎病毒 基因分型 T细胞抗原表位 大理
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 539-544
• 页数: 6页
• 分类号: R373.21
• 语种: 中文
• DOI: 10.13350/j.cjpb.190510

摘要

目的 了解云南省大理地区主要流行基因型3a丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)E基因分子特征和遗传进化特点. 方法 2014年1-5月,在大理州人民医院采集临床诊断为丙型肝炎患者血清,提取病毒RNA,采用3aHCV E基因特异引物进行RT-PCR扩增并测序,采用Clustal X2.1、DNASTAR、Mega 7.1、NetNGlyc 1.0和SYF-PEITHI 1.0等生物信息学软件进行序列分析. 结果 共收集到丙型肝炎患者血清48份,其中4份(标本号为3、4、9、12)3a HCV E基因扩增阳性,测序后分别获得4株病毒1327 nt序列.遗传进化分析显示4株HCV病毒与国内、外流行3a型HCV位于同一进化分支内,核苷酸和氨基酸同源性分别为83.2％～91.5％和82.4％～92.3％,与基因3型其它基因亚型HCV同源性分别为69.6％～73.1％和73.6％～77.7％,与其它基因型HCV病毒同源性均低于66％和70.3％.4、9、12号病毒E基因均存在10个潜在糖基化位点,3号病毒缺少1个224位潜在糖基化位点,其余9个糖基化位点位置与另3株病毒均相同;与其它病毒相比,4株病毒仅有5个T细胞抗原表位预测分值发生变化,其余抗原表位预测分值变化不大. 结论 大理地区主要流行基因型是HCV3a,其致病性、免疫特性等生物学特征未发生明显改变.