禽巴氏杆菌四环素耐药株转录组测序与分析

• 作者: 卢琴 孔令严 张腾飞 汪最 罗青平 邵华斌
• 来源期刊: 中国动物传染病学报
• 学科: 农学
• 关键词: 禽源多杀性巴氏杆菌 转录组测序 GO功能分析 KEGG功能分析 ARDB注释
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 细菌
• 页码范围: 30-36
• 页数: 7页
• 分类号: S852.612
• 字数: 5030字
• 语种: 中文

摘要

为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(avian Pasteurellamultocida,Pm)四环素(Tetracycline,Tet)敏感株与耐药株(MIC=32μg/mL)在转录组水平上的差异,本研究采用RNA-seq技术对Tet敏感株与耐药株进行双向测序,通过GO、KEGG和ARDB数据库对表达差异基因进行注释和富集性分析.结果 显示,共筛选出442个差异表达基因,其中包括103个上调基因和339个下调基因.通过GO功能富集分析显示差异表达基因多数富集于核糖体结构成分、rRNA结合、跨膜运输和离子转运等生物过程;对差异表达基因进行信号通路富集性分析,大多数差异表达基因分布在ABC转运蛋白与核糖体代谢途径中;对差异表达基因进行耐药基因注释(ARDB),发现其中的耐药基因主要为核糖体保护蛋白和外排系统两类.本研究表明禽源Pm对四环素耐药的耐药机制可能与细胞膜上ABC转运蛋白的过量表达以及核糖体保护蛋白有关.