鲑鳟通用型低通量单核苷酸多态性芯片的开发

• 作者: 张瀚元 徐鹏 杨世勇 江炎亮 白庆利 许建 赵紫霞 邰如玉
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 鲑科鱼类 单核苷酸多态性芯片 亲权鉴定 群体遗传
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 53-61
• 页数: 9页
• 分类号: S917.4
• 字数: 5080字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20180115001

摘要

为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss) 57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis)4个物种,从57,501个SNP标记中筛选出96个共享多态性标记,应用Fluigidm 96.96动态芯片平台,构建了大麻哈鱼属(Oncorhynchus)和红点鲑属(Salvelinus)通用型低通量SNP芯片.该芯片分型结果准确性较高,与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到96.55％.使用该芯片对来自6个家系的48尾银鲑个体及其候选亲本进行检测,应用Cervus 3.0.7软件进行亲权鉴定,结果能够准确重现复杂家系的真实系谱.在用于单亲本亲权鉴定时,第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent,NE-1P)为4.120×10-4;用于双亲本亲权鉴定时,双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair,NE-PP)低至6.219×10-12,表明该芯片在鲑鳟养殖群体系谱鉴定应用中具有较高的准确性.使用该芯片开展4个鲑鳟养殖群体遗传结构分析,样本分群聚类结果与其所属的分类阶元相符,能够准确反映群体遗传组分构成和遗传关系.本研究构建的低通量SNP芯片在常见鲑鳟养殖物种中具有良好的通用性,将其应用于养殖群体遗传分析,能够为鲑鳟制种、育种和引种等科学决策提供基因组信息参考.