利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群

• 作者: 周群 张敏 张斌 李玉 汤承 胡承哲
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 藏猪 腹泻粪便 宏基因组学 分子特征 猪圆环病毒2型
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 预防兽医
• 页码范围: 2479-2487
• 页数: 9页
• 分类号: S852.65
• 字数: 5967字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2019.12.012

摘要

为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群,从青藏高原地区 16个藏猪场采集腹泻粪便样本 146份,将样本混合成一个 pool样,提取 RNA反转录成 cDNA,建库后利用 TruSeq Illumina测序,对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究.数据分析结果表明:藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括 11个病毒科的 19种病毒,主要以线性和环状的小 DNA病毒为主,如猪粪相关环状病毒 7型、猪腺病毒和猪博卡病毒(PBoV)等;与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪圆环病毒 2型(PCV-2)和牛病毒性腹泻病毒 1 型(BVDV-1)3种;与腹泻相关的新发病原有 porcine bufavirus 、rabovirus和 pasivirus 3种.利用 SOAP软件组装出猪细小病毒 6 型CPPV 6)、PCV-2 、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒(HEV)完整的 ORF2基因序列,系统发育结果显示PPV心和 PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系,PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系,单独聚为一簇,可能是一个全新的基因型.为进一步调查 PCV-2在藏猪腹泻粪便中的检出率,对采集 146份样本进行检测,检出率为 10.96％06/146,95％CI:6.4％-17.2％),且与四川地区 PCV-2流行株有较近的亲缘关系.本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样,且可能存在与其他动物和人交叉感染情况,具有重要的公共E生学意义,也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张敏	西南民族大学生命科学与技术学院	32	102	6.0	9.0
2	胡承哲	西南民族大学生命科学与技术学院	1	0	0.0	0.0
3	周群	西南民族大学生命科学与技术学院	1	0	0.0	0.0
4	李玉	西南民族大学生命科学与技术学院	1	0	0.0	0.0