肝癌细胞系PLC/PRF/5中染色质重塑蛋白ATRX表达的调控作用

• 作者: 刘宏超 李光宇 梁俊波 王晓月
• 来源期刊: 基础医学与临床
• 学科: 生物学
• 关键词: ATRX RNA-seq ATAC-seq
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 781-785
• 页数: 5页
• 分类号: Q75
• 字数: 2767字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-6325.2019.06.004

摘要

目的 探讨肝癌细胞中地中海贫血伴精神发育迟滞综合征基因(ATRX)对基因表达的影响及其可能机制.方法 利用CRISPR/Cas9技术敲除PLC/PRF/5细胞中的ATRX.全转录组测序技术(RNA-seq)检测ATRX敲除前后的基因表达水平,并用DESeq2软件得出差异表达基因.最后利用转座酶可及性核染色质区域分析技术(ATAC-seq)对差异基因的染色质可及性进行分析.结果 分析得到2754个差异表达基因,其中MUC16和CXCL8均在ATRX缺失后表达显著上调(P<0.05),且两基因附近都存在升高的染色质可及性的区域.结论 在肝癌细胞中,ATRX调控大量基因的表达,且可能直接参与了MUC16与CXCL8的抑制,为进一步研究ATRX在肝癌发生中的作用提供了新的线索.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王晓月	中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系	4	4	1.0	1.0
2	梁俊波	中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系	3	1	1.0	1.0
3	刘宏超	中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系	1	1	1.0	1.0
4	李光宇	中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系	1	1	1.0	1.0