传染性法氏囊病病毒感染DF-1细胞的lncRNA表达谱变化分析

• 作者: 丁颖楠 俞天奇 周继勇 张宜娜 胡伯里
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 传染性法氏囊病病毒(IBDV) 长链非编码RNA (lncRNA) DF-1细胞 高通量测序
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1110-1117
• 页数: 8页
• 分类号: S855.3
• 字数: 4392字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2019.06.017

摘要

传染性法氏囊病(Infectious bursal disease,IBD)是一种由传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)引起的急性、高度接触性的传染病,在易感雏鸡(Gallus gallus)群中发病率可达80％～100％,死亡率高达30％～35％.为探究IBDV感染所引起的宿主细胞内长链非编码RNA (long noncoding RNA,lncRNA)表达谱变化,本研究利用Illumina Hiseq 3000平台进行高通量测序,并对IBDV感染和未感染的鸡成纤维细胞系DF-1的lncRNA表达谱进行分析.结果 显示,有958条差异表达的lncRNA,其中728条上调、230条下调.利用miRanda-aug2010软件预测差异lncRNA的靶基因,然后通过生物信息学方法对靶基因进行基因本体论(Gene Oncology,GO)注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析,结果显示,靶基因在免疫应答过程、细胞因子反应、细胞凋亡和核因子κB (nuclear factor κB,NF-κβ)等生物学过程中显著富集,参与视黄酸诱导基因蛋白Ⅰ(retinoic acid-inducible gene Ⅰ,RIG-Ⅰ)信号通路、Toll样受体信号通路和细胞凋亡等通路.利用qRT-PCR方法对随机挑选的9条lncRNA进行验证,结果显示,其表达变化趋势与高通量测序数据一致.本研究对IBDV lncRNA表达谱进行分析,为深入探讨与IBDV发病机制相关的关键lncRNA分子作用机制提供了参考依据.