中国唇腭裂患者Sonic hedgehog信号通路相关单核苷酸多态性的分析

• 作者: 周治波 周绍楠 宋凤岐 张倩 张杰铌 张韬文 彭丽颖 李巍然 林久祥 赵望泓 郑晖 陈峰
• 来源期刊: 北京大学学报医学版
• 关键词: 非综合征型唇腭裂 Sonic hedgehog 单核苷酸多态性 质谱检测
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 556-563
• 页数: 8页
• 分类号: R393
• 语种: 中文
• DOI: 10.19723/j.issn.1671-167X.2019.03.027

摘要

目的:探讨Sonic hedgehog(Shh)信号通路相关的单核苷酸多态性(single-nueleotide polymorphism,SNP)与非综合征型唇腭裂(non-syndromic cleft lip and/or palate,NSCL/P)之间的关联,并对唇腭裂疾病的致病风险因素进行探索.方法:收集197例个体的外周血(NSCL/P患者100例,健康对照97例),基于国际人类基因组单体型图计划中中国北京汉族人口数据,使用Haploview软件进行单倍体型分析和标签SNP选择.针对Shh信号通路中的4个候选基因SHH、PTCHI、SMO和GLI2共选择了27个SNP.使用Sequenom质谱技术检测27个SNP在4个Shh信号通路中候选基因的基因型,并进行分析.结果:所选择的SNP基本涵盖了候选基因的潜在功能性SNP,其最小等位基因频率(minor allele frequency,MAF)＞ 0.05:GLI2 73.5％,PTCH1 91.0％,SMO 100.0％,SHH 75.0％.发现位于SMO基因的SNP(rs12674259)和位于PTCHI基因的SNP(rs2066836)的基因型频率在NSCL/P病例组和对照组之间的差异有统计学意义.同时在4个候选基因所在的3条染色体(第2、7、9号染色体)中均发现了连锁不平衡,但在连锁不平衡单倍体型分析中,病例组和对照组之间的差异无统计学意义.结论:提示Shh信号通路参与NSCL/P的发生,其信号通路中关键基因的某些特殊SNP位点与唇腭裂相关,为NSCL/P的病因研究提供了新的探索方向,可能为NSCL/P的早期筛查与风险预测提供帮助.