基于数据挖掘分析microRNAs在冠状动脉支架内再狭窄中的调控机制

• 作者: 何喜民 尹培永 崔小红 熊婷
• 来源期刊: 生物技术通讯
• 学科: 生物学
• 关键词: microRNAs 支架内再狭窄 数据挖掘
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 496-501,570
• 页数: 7页
• 分类号: Q78|Q811.4
• 字数: 2597字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-0002.2019.04.007

摘要

目的:通过寻找支架内再狭窄相关的循环microRNAs(miRNAs)及其作用靶基因,阐释miRNAs在经皮冠状动脉介入治疗的同时带来的支架内再狭窄(ISR)中的网络调控作用及机制.方法:由美国NCBI的GEO公共数据平台下载GSE60959中的miRNAs芯片数据,通过GeneSpringGX芯片分析软件分析得到ISR患者和对照组之间差异表达的循环miRNAs;采用miRNAs靶基因预测算法TargetScan和miRanda预测差异表达miRNAs的靶基因,通过DAVID平台和KEGG数据库分析得到靶基因所参与的信号通路;用GSE46560的mRNA芯片数据分析得到ISR患者较非ISR患者循环mRNAs差异表达谱,用来验证miRNAs调控ISR所作用的靶基因;采用Cytoscape软件构建基于miRNAs-信号通路、miRNAs-靶基因的共表达网络.结果:与对照组相比,ISR组存在131个差异表达循环miRNAs,其中上调41个.前5个上调miRNAs分别是miR-1183、miR-512-5p、miR-187-5p、miR-144-3p和miR-1225-5p.5个miRNAs的预测靶基因共6587个,信号通路富集分析显示这些基因主要参与的信号通路包括MAPK signaling pathway、ErbB signaling pathway、Wnt signaling pathway、Focal adhesion、Neurotrophin signaling pathway和Regulation of actin cyto?skeleton.进一步对mRNAs芯片进行差异分析显示,与对照组相比,ISR患者差异循环mRNAs共171个,其中最可能受上述5个miRNAs调控的基因共43个.构建的共表达网络显示,miR-512-5p是作用靶基因和参与信号通路最多的miRNAs.结论:ISR患者循环miRNAs和mRNAs表达谱均存在改变,多个差异表达miRNAs通过作用于多个靶mRNAs,进而影响多个信号通路的活性,最终对ISR的发生、发展形成网络调控作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何喜民		6	7	1.0	2.0
2	尹培永		2	0	0.0	0.0
3	崔小红		2	0	0.0	0.0
4	熊婷		1	0	0.0	0.0