早期胃癌淋巴结转移差异表达基因分析

• 作者: 庄阳辉 康争春 王海棠 蔡慧 陈琪琛 陈贵珠
• 来源期刊: 中国临床医学
• 学科: 医学
• 关键词: 早期胃癌 淋巴结转移 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 555-560
• 页数: 6页
• 分类号: R735.2
• 字数: 3648字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12025/j.issn.1008-6358.2019.20190912

摘要

目的:利用TCGA数据库早期胃癌RNA-seq数据,探讨早期胃癌淋巴结转移差异表达基因及相关生物学意义.方法:从TCGA数据库下载胃癌RNA-seq数据和临床病理数据,筛选出早期胃癌数据,并根据有无淋巴结转移进行分组对比分析.在R 3.5.3环境下,加载edgeR包,筛选T1 N1-3 M0期与T1 N0 M0期胃癌相比的差异表达基因.通过对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,分析其潜在的生物学功能.分析差异表达基因与胃癌预后的相关性.结果:早期合并淋巴结转移组胃癌中发现197个显著上调表达基因和5个显著下调表达基因.上调差异表达基因显著富集在白细胞介素-1、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等作用的细胞增殖相关GO功能因子,和Wnt信号通路、核转录因子κB(NF-κB)信号通路、胃癌信号通路等癌症相关信号通路上.上调和下调差异表达基因多与胃癌患者预后相关.结论:早期胃癌淋巴结结转移相关差异表达基因可能通过细胞增殖相关GO功能和Wnt信号通路、NF-κB信号通路等信号通路影响早期胃癌的生物学行为;有无淋巴结早期胃癌中的差异表达基因表达水平多与胃癌患者预后显著相关,有可能作为胃癌的诊治靶点应用于临床.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	康争春	海军军医大学附属长海医院普通外科	10	13	2.0	3.0
2	蔡慧	海军军医大学附属长海医院普通外科	8	32	4.0	5.0
3	庄阳辉	泉州市中医院普通外科	2	1	1.0	1.0
4	王海棠	泉州市中医院普通外科	2	1	1.0	1.0
5	陈贵珠	泉州市中医院普通外科	2	1	1.0	1.0
6	陈琪琛	泉州市中医院普通外科	2	1	1.0	1.0