肺鳞状细胞癌中甲基化调控基因及其临床意义

• 作者: 席德双 徐祥 徐谊 杨日荣 潘泓
• 来源期刊: 广西医学
• 学科: 医学
• 关键词: 肺鳞状细胞癌 SOX15 cg01029592位点 cg13159929位点 cg12615880位点 筛选 预后 甲基化 癌症和肿瘤基因图谱
• 年，卷（期）: 2019,（14）
• 所属期刊栏目: 论著·基础研究
• 页码范围: 1798-1802
• 页数: 5页
• 分类号: R734.2
• 字数: 3620字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11675/j.issn.0253-4304.2019.14.18

摘要

目的 筛选肺鳞状细胞癌(LUSC)中受甲基化调控的基因,并分析其临床意义.方法 从癌症和肿瘤基因图谱数据库中,下载338例LUSC组织和38例正常肺组织mRNA测序数据及DNA甲基化数据.采用R语言软件处理mRNA表达数据,筛选出差异表达基因(DEG),再运用受试者工作特征(ROC)曲线评估DEG鉴别LUSC组织和正常肺组织的效能,筛选出候选基因.使用minfi软件包分析TCGA数据库中甲基化数据,筛选出差异甲基化位点.利用MEXPRESS数据可视化工具,分析候选基因表达与其启动子区域DNA甲基化位点之间的相关性,筛选出与甲基化相关的目的基因及其位点.应用实时荧光定量PCR,检测21例LUSC患者癌组织及相应癌旁正常肺组织中目的基因的表达水平.结果 筛选出目的基因SOX15及其cg01029592与cg13159929两位点.338例LUSC患者组织中SOX15 mRNA相对表达量高于38例正常肺组织中的表达量(log2FC=4.758,P<0.001).ROC曲线分析结果显示,SOX15高表达对鉴别LUSC组织和正常肺组织具有较高效能(曲线下面积为0.910,P<0.001).位点cg01029592、cg13159929在LUSC组织中甲基化水平均低于正常肺组织(P<0.05).在LUSC组织中SOX15的表达与cg01029592及cg13159929位点的甲基化水平呈负相关(均P<0.05).位点cg01029592、cg12615880高甲基化水平者的总体生存率均高于低甲基化水平者(P<0.05).实时荧光定量PCR结果显示,LUSC组织的SOX15 mRNA的相对表达量高于癌旁正常组织(P<0.05).结论 SOX15或可成为LUSC肿瘤特异性标志物.SOX15启动子区低甲基化可能导致其mRNA高表达,并且与LUSC预后相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	潘泓	广西医科大学附属肿瘤医院胸瘤外科	47	129	5.0	8.0
2	徐谊	广西医科大学附属肿瘤医院胸瘤外科	6	8	2.0	2.0
3	杨日荣	广西医科大学附属肿瘤医院胸瘤外科	10	17	3.0	3.0
4	徐祥	广西医科大学附属肿瘤医院胸瘤外科	2	0	0.0	0.0
5	席德双	广西医科大学附属肿瘤医院胸瘤外科	1	0	0.0	0.0