妊娠期糖尿病患者差异表达基因的生物信息学分析

• 作者: 刘红 尹志芳 李玉茹 杨宗梅 郝春霞
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 妊娠期糖尿病 差异表达基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（25）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 54-56
• 页数: 3页
• 分类号: R714.256
• 字数: 2277字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2019.25.014

摘要

目的 探讨妊娠期糖尿病(GDM)患者差异表达基因及其生物学功能、可能的信号通路.方法 检索基因表达谱数据库(GEO)并筛选GDM相关基因表达谱数据集,检索时间为自建库至2019年6月,检索条件为“Gestational diabetes mellitus”,物种选择“human”.应用GEO在线分析功能GEO2R分析GDM和对照组的差异表达基因,筛选条件为|Log10FC|＞1且P＜0.05.同时选取多个芯片数据中共差异表达基因,用基因本体论和京都基因与基因组百科全书进行分析,采用蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据库分析筛查出的差异表达基因编码蛋白间的相互作用;应用cytohubba软件筛选信号通路关键基因,并进行鉴定及聚类分析.结果 选取了2个GDM相关基因表达数据集GSE51546和GSE87295为研究对象,筛选出共差异表达基因7个(CD34、TACSTD2、LDB2、CLDN5、NTN4、COLEC12、IG-FBP6).7个共差异表达基因分子功能主要为细胞外蛋白结合、层黏连蛋白结合、胰岛素生长因子受体结合等;生物学过程主要富集于细胞迁移、胰岛素生长因子受体信号通路和细胞黏附等.上述基因编码蛋白主要定位于层黏连蛋白复合体、细胞外基质和基质膜等.信号通路富集于PI3 K-AKT信号通路、糖代谢信号通路、神经系胰岛素抵抗相关信号通路等.PPI相作用网络富集明显(P＜0.05),INS、IGF1、IGF2、IGFBP3、IGF1R为PPI网络中的关键基因.结论 GDM患者的差异表达基因主要有CD34、TACSTD2、LDB2、CLDN5、NTN4、COLEC12、IGFBP6,其主要分子功能为胰岛素生长因子调节剂,可能通过糖和胰岛素代谢通路参与GDM的发生发展.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李玉茹		7	15	3.0	3.0
2	尹志芳		10	38	3.0	6.0
3	刘红		4	14	2.0	3.0
4	杨宗梅		3	29	2.0	3.0
5	郝春霞		2	7	1.0	2.0