HOXC8在食管癌中的表达及富集分析

• 作者: 姚力 张明鑫 张灵敏 袁慧 路宁
• 来源期刊: 国际肿瘤学杂志
• 关键词: 食管肿瘤 癌症和肿瘤基因组图谱 HOXC8
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 284-288
• 页数: 5页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn371439-20191210-00028

摘要

目的 探讨HOXC8在食管癌中的表达情况及其可能参与的信号通路.方法 从癌症和肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载并预处理食管癌数据集的mRNA表达RNA-Seq数据及临床预后相关数据,进行差异表达基因分析,并绘制火山图和热图,对筛选出的差异表达基因进行可视化.以HOXC8表达量的中位数为界将食管癌患者分为高表达组和低表达组,使用Kaplan-Meier法进行生存分析.然后使用GSEA 4.0.1软件进行基因集富集分析,同时进行多GSEA富集分析的图形绘制.结果 对161例食管癌组织和11例癌旁组织的mRNA表达数据进行差异表达分析后,共筛选出3 454个差异表达基因,其中有2 317个上调的基因和1 137个下调的基因,聚类分析结果显示,差异表达可以把食管癌与癌旁组织有效区分开,说明上述差异表达结果具有很好的准确性.差异分析和配对差异分析结果显示,HOXC8在食管癌中显著高表达,与癌旁组织的差异具有统计学意义(t=5.333,P＜0.001;t=3.101,P=0.007).删除生存时间＜30 d的样本后,共有107例样本,HOXC8高表达患者(n=54)的预后更差,中位生存时间为553 d(95％ CI为396～710),HOXC8低表达患者(n=53)的中位生存时间为784 d(95％ CI为62～1 506),差异有统计学意义(x2 =4.153,P=0.042),提示HOXC8为癌基因.GSEA分析结果显示,HOXC8高表达样本富集了细胞周期、剪接体等相关基因集,而HOXC8低表达样本则富集了磷脂酰肌醇信号通路等相关基因集.结论 HOXC8在食管癌中显著高表达,且HOXC8高表达的患者预后更差,其可能通过参与细胞周期、剪接体、磷脂酰肌醇信号通路等调节食管癌的发生发展.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张灵敏	西安交通大学第一附属医院麻醉科	25	71	5.0	8.0
2	袁慧	西安交通大学第一附属医院麻醉科	25	82	5.0	8.0
3	张明鑫	西安医学院第一附属医院消化内科	13	5	1.0	2.0
4	路宁	西安医学院第一附属医院消化内科	15	11	2.0	3.0
5	姚力	西电集团医院神经内科	14	113	7.0	10.0