基于数据库分析CK-19基因在乳腺癌中的表达及与患者预后相关性

• 作者: 殷红梅
• 来源期刊: 转化医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 乳腺癌 CK-19mRNA String数据库 Oncomine数据库 共表达
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 分子标志物
• 页码范围: 202-205
• 页数: 4页
• 分类号: R737.9|R394-33
• 字数: 2424字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-3097.2020.04.003

摘要

目的 探讨肿瘤芯片数据库(Oncomine),生存分析数据库(Kaplan-Meier Plotter)和蛋白-蛋白相互作用数据库(String)平台中CK-19基因在乳腺癌中的表达及临床意义.方法 分别对Oncomine、Kaplan-Meier Plotter和String进行乳腺癌CK-19基因表达情况数据挖掘.比较乳腺癌组织和对应正常组织中CK-19 mRNA表达是否存在差异.根据CK-19高低表达情况绘制生存曲线进行CK-19与乳腺癌患者预后关系分析.同时分析CK-19蛋白共表达网路,推测CK-19可能的相互作用蛋白及其生物学功能.结果 检索Oncomine数据库发现,在乳腺癌中有9个数据集均显示乳腺癌中CK-19高表达.CK-19 mRNA聚类分析显示,CK-19 mRNA与KRT18,ERBB3,PRR5等基因mRNA存在共表达;在String蛋白互作数据库中对CK-19蛋白共表达进行了分析,结果显示CK-19与KRT8,KRT18等蛋白具有共表达关系.Oncomine数据库中,有3项基因表达芯片数据关于CK-19 mRNA在乳腺癌与正常组织中的差异表达分数数据,结果显示乳腺癌组织中CK-19 mR-NA表达水平高于正常乳腺组织(P<0.05).生存分析显示CK-19 mRNA高低表达组总生存期分别为90.0月和115.0月,差异比较无统计学意义(HR=1.14,95％CI:0.92～1.41,P=0.23),高低表达组无疾病进展生存期分别为48.16月和48.0个月,差异比较无统计学意义(HR=1.09,95％CI:0.98～1.22,P=0.11).应用String数据富集CK-19相互作用的可能相关蛋白,与CK-19相互作用的蛋白有10个,分别为作用评分均大于0.9,10个关联蛋白均属于细胞角蛋白家族,参与上皮细胞结构的稳定性.结论 CK-19 mRNA在乳腺癌组织中高表达,其蛋白与KRT18等角蛋白家族可能共同参与了上皮细胞结构的稳定性.但CK-19 mRNA高低表达与乳腺癌患者的预后无关.