miR-146a过表达羊驼黑色素细胞内转录组图谱分析

• 作者: 刘学贤 杜斌 范瑞文 薛骥轩 郭湘
• 来源期刊: 山西农业科学
• 关键词: miR-146a 转录组 黑色素
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 139-144
• 页数: 6页
• 分类号: S829.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2481.2020.02.03

摘要

miR-146a在一些癌症生理学过程如肺癌、肝癌、黑色素瘤中具有重要的调节作用.为了揭示miR-146a在羊驼黑色素细胞中的生物学功能,利用RNA-Seq的高通量测序技术从基因组转录水平解析miR-146a可能的分子作用机制,经Illumina sequencing平台测序并进行生物信息学分析.结果表明,miR-146a转染组和对照组羊驼黑色素细胞的转录表达谱,各样品纯数据均达到6.34 Gb,Q30碱基百分比在87.44％以上;组装后共获得161666条序列,其中长度在1 kb的序列有20019条.对序列进行功能注释,包括与NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GO和Pfam数据库的比对,结果显示,共获得25867条序列的注释结果,其中,SSR分析共获得10963个SSR标记.功能分析结果表明,这些表达基因涉及多种GO分类及KEGG通路且与黑色素相关的GO分类和KEGG通路占有较大比例.结果显示,研究miR-146a在黑色素细胞中的功能及其分子机制,并获得了黑素细胞转录组图谱,可为进一步研究控制羊驼毛色生理和色素生成的基因表达网络提供宝贵的资源.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	范瑞文	山西农业大学动物科技学院	100	437	10.0	16.0
2	刘学贤	山西农业大学动物科技学院	7	1	1.0	1.0
3	杜斌	山西农业大学动物科技学院	5	1	1.0	1.0
4	薛骥轩	山西农业大学动物科技学院	3	0	0.0	0.0
5	郭湘	山西农业大学动物科技学院	1	0	0.0	0.0