胃癌相关的竞争内源性RNA调控网络的构建和分析

• 作者: 姜文静 宗红 曹新广 李瑞 赵瑞华 靳水玲
• 来源期刊: 中华肿瘤杂志
• 关键词: 胃肿瘤 竞争内源性RNA 碳水化合物磺基转移酶1 mi-183-5p
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 115-121
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0253-3766.2020.02.002

摘要

目的 构建胃癌相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探索胃癌发生、发展的分子机制.方法 应用生物芯片技术测定胃癌及对应癌旁组织的信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA (lncRNA)表达谱,应用R软件中的edgeR包筛选差异表达基因并绘制火山图,基于miRNA-lncRNA在线预测工具lncBase数据库和miRNA靶基因预测数据库预测mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用关系,采用Cytoscape软件构建胃癌lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,根据cytohubba计算各节点degree得分筛选关键基因(hub基因).运用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID),对差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.在OncoLnc数据库中,选择肿瘤基因组计划(TCGA)数据集的胃癌项目,输入hub基因,以标准化后基因表达量中位数为界值,将样本分为高表达组和低表达组,并进行生存分析.结果 共筛出差异表达的mRNA 766个,miRNA 10个,lncRNA 110个,其中90个mRNA、6个miRNA和4个lncRNA构成ceRNA网络,20个hub基因中有2个与患者预后有关.经TCGA胃癌数据库验证,LncRNA MAP3K20的反义RNA 1 (MLK7-AS1)、分泌性磷酸化糖蛋白(SPP1)、硫酸酯酶1(SULF1) hsa-miR-1307-3p等基因在胃癌组织生物芯片中高表达,金属硫蛋白2A (MT2A)、金属硫蛋白1X(MT1X)等基因低表达,与TCGA胃癌数据库一致.生物学功能和通路分析显示,差异表达的mRNA主要在生物学过程(BP)和矿物吸收的通路中显著富集.在TCGA胃癌数据中,碳水化合物磺基转移酶1(CHST1)和miR-183-5p均与患者生存时间有关,CHST1表达量越高患者生存时间越短,而miR-183-5p表达量越高患者生存时间越长.结论 胃癌ceRNA网络的构建有助于深入了解胃癌的分子生物学机制,CHST1和mi-183-5p可作为胃癌预后的预测指标.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	宗红	郑州大学第一附属医院肿瘤科	29	105	6.0	9.0
2	李瑞	郑州大学第一附属医院肿瘤科	35	173	8.0	11.0
3	曹新广	郑州大学第一附属医院消化内科	17	45	4.0	6.0
4	赵瑞华	郑州大学第一附属医院肿瘤科	15	37	4.0	5.0
5	靳水玲	郑州大学第一附属医院肿瘤科	9	53	3.0	7.0
6	姜文静	郑州大学附属郑州中心医院肿瘤科	7	13	2.0	3.0