埃可病毒11型分离株的分子流行病学研究

• 作者: 刘秀兰 姚学君 李峰 沈进进 管书慧 陈国清
• 来源期刊: 江苏预防医学
• 学科: 医学
• 关键词: 埃可病毒11型 分子流行病学 VP1区 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 125-129
• 页数: 5页
• 分类号: R373.2+4
• 字数: 3597字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13668/j.issn.1006-9070.2020.02.003

摘要

目的 分析埃可病毒11型(Echovirus 11,Echo11)分离株全长VP1区序列的遗传进化规律和流行趋势.方法 从GenBank下载全球Echo11型病毒分离株全长VP1区序列,采用生物信息学技术手段构建进化树、测算序列同源性、预测正向选择位点、计算氨基酸置换熵值.结果 合计纳入433株Echo11型病毒分离株,毒株来源于34个国家,时间跨度为1953-2018年;上传地区前3位是中国(143株,占33.0％)、俄罗斯(91株,占21.0％)和日本(36株,占8.3％);基因型A和D为流行优势株.433株分离株VP1区核苷酸和氨基酸序列平均同源性分别为81.9％和92.0％.不同基因型间平均同源性分别为75.6％～81.1％和86.8％～93.0％.核苷酸碱基总突变数10 844 bp,总突变率2.9％;276位氨基酸为正向选择位点,存在34个氨基酸易突变位点,易突变率11.6％.结论 全球Echo11型病毒存在不同基因型分离株循环流行,分子亲缘性较远.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘秀兰		17	34	4.0	5.0
2	李峰		18	83	5.0	9.0
3	姚学君		19	28	3.0	4.0
4	沈进进		28	151	7.0	11.0
5	陈国清		22	50	4.0	6.0
6	管书慧		15	40	4.0	6.0